Получение информации об объекте филогенетического дерева
[Value1, Value2,...] = get(Tree, 'Property1','Property2',...)
get(Tree)
V = get(Tree)
Tree | Объект Phytree, созданный с помощью функции phytree. |
Name | Имя свойства для phytree объект. |
[ возвращает указанные свойства из объекта phytree (Value1, Value2,...] = get(Tree, 'Property1','Property2',...)Tree).
Свойства для phytree перечислены в следующей таблице.
| Собственность | Описание |
|---|---|
NumLeaves | Количество листьев |
NumBranches | Количество филиалов |
NumNodes | Количество узлов (NumLeaves + NumBranches) |
Pointers | Список подключений ветвления к листу/ветви |
Distances | Длина кромки для каждого листа/ветви |
LeafNames | Названия листьев |
BranchNames | Названия филиалов |
NodeNames | Имена всех узлов |
get( отображает все имена свойств и их текущие значения для объекта phytree (Tree)Tree).
V = get(Tree)Tree) и каждое поле содержит значение этого свойства.
Чтение в филогенетическом дереве из файла.
tr = phytreeread('pf00002.tree')
Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)Получи имена листьев.
protein_names = get(tr,'LeafNames')
protein_names =
'Q9YHC6_RANRI/126-382'
'VIPR1_RAT/140-397'
'VIPR_CARAU/100-359'
...