Структура данных, содержащая филогенетическое дерево
Объект phytree - структура данных, содержащая филогенетическое дерево. Филогенетические деревья - бинарные корнеплоды, что означает, что каждая ветвь является родителем двух других ветвей, двух листьев или одной ветви и одного листа. Фитриевой объект может быть ультраметрическим или нетраметрическим.
Ниже приведены методы фитообъекта:
| кластер (фитри) | Проверка кластеров в филогенетическом дереве |
| получить (фитри) | Получение информации об объекте филогенетического дерева |
| getbyname (фитри) | Ответвления и листья от фитриевого объекта |
| getcanonical (фитри) | Вычислить каноническую форму филогенетического дерева |
| getmatrix (фитри) | Преобразование фитообъекта в матрицу взаимосвязей |
| getnewickstr (фитри) | Создание вектора символов в формате Newick |
| pdist (фитри) | Рассчитать попарно патристические расстояния в фитарном объекте |
| участок (фитри) | Рисование филогенетического дерева |
| обрезка (фитри) | Удалить узлы ветвей из филогенетического дерева |
| переупорядочение (фитри) | Переупорядочить листья филогенетического дерева |
| reroot (фитри) | Изменить корень филогенетического дерева |
| выбрать (фитерево) | Выбор ветвей и листьев дерева в фитообъекте |
| поддерево (phytree) | Извлечь филогенетическое поддерево |
| вид (фитри) | Просмотр филогенетического дерева |
| веса (фитри) | Расчет весов для филогенетического дерева |
Примечание
Невозможно изменить эти свойства напрямую. Доступ к этим свойствам можно получить с помощью get способ.
| Собственность | Описание |
|---|---|
NumLeaves | Количество листьев |
NumBranches | Количество филиалов |
NumNodes | Количество узлов (NumLeaves + NumBranches) |
Pointers | Список подключений ветвления к листу/ветви |
Distances | Длина кромки для каждого листа/ветви |
LeafNames | Названия листьев |
BranchNames | Названия филиалов |
NodeNames | Имена всех узлов |
cluster | get | getbyname | getcanonical | getmatrix | getnewickstr | pdist | phytree | phytreeread | phytreeviewer | phytreewrite | plot | prune | reroot | select | seqlinkage | seqneighjoin | seqpdist | subtree | view | weights