Выбор ветвей и листьев дерева в фитообъекте
S = select(Tree, N)
[S, Selleaves, Selbranches] = select(...)
select(..., 'Reference', ReferenceValue, ...)
select(..., 'Criteria', CriteriaValue, ...)
select(..., 'Threshold', ThresholdValue, ...)
select(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...)
select(..., 'Propagate', PropagateValue, ...)
Tree | Филогенетическое дерево ( |
N | Число ближайших узлов к корневому узлу. |
ReferenceValue | Свойство для выбора опорной точки для измерения расстояния. |
CriteriaValue | Свойство для выбора критериев измерения расстояния. |
ThresholdValue | Свойство для выбора значения расстояния. Выбираются узлы с расстояниями ниже этого значения. |
ExcludeValue | Свойство для удаления (исключения) узлов ветвей или концевых узлов из вывода. Войти 'none', 'branches', или 'leaves'. Значение по умолчанию: 'none'. |
PropagateValue | Свойство для выбора распространяющихся узлов в направлении листьев или корня. |
S | Логический вектор для всех выбранных узлов. |
Selleaves | Логический вектор для выбранных листьев. |
Selbranches | Логический вектор для выбранных ветвей. |
S = select(Tree, N)S) размера [NumNodes x 1] с указанием N ближайшие узлы к корневому узлу phytree объект (Tree) где NumNodes = NumLeaves + NumBranches. Первым используемым критерием являются уровни ветвей, затем патристическое расстояние (также известное как расстояние между деревьями). По умолчанию select использование Inf как значение N, и select( возвращает вектор со значениями Tree)true.
[ возвращает два дополнительных логических вектора, один для выбранных листьев и один для выбранных ветвей.S, Selleaves, Selbranches] = select(...)
select(..., ' использует дополнительные параметры, указанные в качестве одного или нескольких аргументов пары имя-значение. Каждый PropertyName', PropertyValue, ...)PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя-значение являются следующими:
select(..., 'Reference', изменяет опорные точки, чтобы измерить близость .ReferenceValue, ...)ReferenceValue может быть 'root' (по умолчанию) или 'leaves' или индекс, указывающий на любой узел дерева. При использовании 'leaves'узел может иметь несколько расстояний до его потомков (нетравметричное дерево). Если да, select учитывает минимальное расстояние до любого дочернего листа.
select(..., 'Criteria', изменяет критерии, используемые для измерения близости. Если CriteriaValue, ...)CriteriaValue = 'levels'CriteriaValue = 'distance'
select(..., 'Threshold', выбирает все узлы, где близость меньше или равна пороговому значению ThresholdValue, ...)(. Вы можете использовать либо ThresholdValue)'Criteria' или 'Reference' в сочетании с этой парой имя-значение. Если N не указан, то N = Inf. В противном случае количество выбранных узлов можно ограничить на N.
select(..., 'Exclude', устанавливает постфильтр, который исключает все узлы ветви из ExcludeValue, ...)S когда ExcludeValue = 'branches'ExcludeValue = 'leaves''none'.
select(..., 'Propagate', активирует постфункциональность, которая распространяет выбранные узлы на листья, когда PropagateValue, ...)PropagateValue имеет значение 'toleaves' или к корню, находящему общего предка, когда PropagateValue имеет значение 'toroot'. Значение по умолчанию: 'none'. PropagateValue также может быть 'both'. 'Propagate' имущество действует после 'Exclude' пара имя-значение.
% Load a phylogenetic tree created from a protein family:
tr = phytreeread('pf00002.tree');
% To find close products for a given protein (e.g. vipr2_human):
ind = getbyname(tr,'vipr2_human');
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
'threshold',0.6,'reference',ind);
view(tr,sel_leaves)
% To find potential outliers in the tree, use
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
'threshold',.3,...
'reference','leaves',...
'exclude','leaves',...
'propagate','toleaves');
view(tr,~sel_leaves)