manorm

Нормализация данных микрочипов

Синтаксис

XNorm = manorm(X) XNorm = manorm(MAStruct, FieldName) [XNorm, ColVal] = manorm(...) manorm(..., 'Method', MethodValue, ...) manorm(..., 'Extra_Args', Extra_ArgsValue, ...) manorm(..., 'LogData', LogDataValue, ...) manorm(..., 'Percentile', PercentileValue, ...) manorm(..., 'Global', GlobalValue, ...) manorm(..., 'StructureOutput', StructureOutputValue, ...) manorm(..., 'NewColumnName', NewColumnNameValue, ...)

Аргументы

`X`	Числовой массив или объект DataMatrix данных микрочипов.
`MAStruct`	Структура микрочипа.
`FieldName`	Поле.

Описание

XNorm = manorm(X) масштабирует значения в каждом столбце Xчисловой массив или объект DataMatrix данных микрочипов путем деления на среднюю интенсивность столбца. XNorm является вектором, матрицей или объектом DataMatrix нормализованных данных микрочипов.

XNorm = manorm(MAStruct, FieldName) масштабирует данные в MAStruct, структура микрочипа, для поля, указанного FieldNameдля каждого блока или печатающего наконечника путем деления каждого блока на среднюю интенсивность столбца. Выходные данные представляют собой матрицу с каждым столбцом, соответствующим нормализованным данным для каждого блока.

[XNorm, ColVal] = manorm(...) возвращает значения, используемые для нормализации данных.

manorm(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования manorm с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

manorm(..., 'Method', MethodValue, ...) позволяет выбрать способ масштабирования или центрирования данных. MethodValue может быть 'Mean'(по умолчанию), 'Median', 'STD' (стандартное отклонение), 'MAD' (среднее абсолютное отклонение) или дескриптор функции. При передаче дескриптора функции функция должна игнорировать NaNs и возвращать одно значение на столбец входных данных.

manorm(..., 'Extra_Args', Extra_ArgsValue, ...) позволяет передавать дополнительные аргументы в функцию MethodValue. Extra_ArgsValue должен быть массивом ячеек.

manorm(..., 'LogData', LogDataValue, ...), когда LogDataValue является true, работает с данными логарифмического отношения, в этом случае среднее (или MethodValue) каждого столбца вычитается из значений в столбцах, вместо деления столбца на нормирующее значение.

manorm(..., 'Percentile', PercentileValue, ...) использует только процентиль (PercentileValue) данных, предотвращающих перекос больших отклонений при нормализации. Если PercentileValue является вектором, содержащим два значения, то диапазон от PercentileValue(1) процентиль к PercentileValue(2) используют процентиль. Значение по умолчанию: 100, то есть использовать все данные в наборе данных.

manorm(..., 'Global', GlobalValue, ...) когда GlobalValue является trueнормализует значения в наборе данных по глобальному среднему значению (или MethodValue) данных, в отличие от нормализации каждого столбца или блока данных независимо.

manorm(..., 'StructureOutput', StructureOutputValue, ...), когда StructureOutputValue является trueвходные данные представляют собой структуру, возвращающую входную структуру с дополнительным полем данных для нормализованных данных.

manorm(..., 'NewColumnName', NewColumnNameValue, ...), при использовании StructureOutput, позволяет указать имя столбца, который добавляется к списку ColumnNames в структуре. Поведение по умолчанию - префикс 'Block Normalized' кому FieldName.

Примеры

maStruct = gprread('mouse_a1wt.gpr');
% Extract some data of interest.
Red = magetfield(maStruct,'F635 Median');
Green = magetfield(maStruct,'F532 Median');
% Create a log-log plot.
maloglog(Red,Green,'factorlines',true)
% Center the data.
normRed = manorm(Red);
normGreen = manorm(Green);
% Create a log-log plot of the centered data.
figure
maloglog(normRed,normGreen,'title','Normalized','factorlines',true)
 
% Alternatively, you can work directly with the structure
normRedBs = manorm(maStruct,'F635 Median - B635');
normGreenBs = manorm(maStruct,'F532 Median - B532');
% Create a log-log plot of the centered data. This includes some
% zero values so turn off the warning.
figure
w = warning('off','Bioinfo:maloglog:ZeroValues');
warning('off','Bioinfo:maloglog:NegativeValues');
maloglog(normRedBs,normGreenBs,'title',...
                'Normalized Background-Subtracted Median Values',...
                'factorlines',true)
        warning(w);

См. также

Представлен до R2006a

Документация