maboxplot

Создание рамочного графика для данных микрочипов

Синтаксис

maboxplot(MAData) maboxplot(MAData, ColumnName) maboxplot(MAStruct, FieldName) H = maboxplot(...) [H, HLines] = maboxplot(...) maboxplot(..., 'Title', TitleValue, ...) maboxplot(..., 'Notch', NotchValue, ...) maboxplot(..., 'Symbol', SymbolValue, ...) maboxplot(..., 'Orientation', OrientationValue, ...) maboxplot(..., 'WhiskerLength', WhiskerLengthValue, ...) maboxplot(..., 'BoxPlot', BoxPlotValue, ...)

Аргументы

`MAData`	объект DataMatrix, числовой массив или структура, содержащая поле с именем `Data`. Значения в столбцах `MAData` будет использоваться для создания рамочных графиков. Если объект DataMatrix, имена столбцов используются в качестве меток на графике поля.
`ColumnName`	Массив имен столбцов, соответствующих данным в `MAData` используется в качестве меток в рамочном графике.
`MAStruct`	Структура данных микрочипа.
`FieldName`	Поле в структуре данных микрочипа, `MAStruct`. Значения в поле `FieldName` будет использоваться для создания рамочных графиков.
`TitleValue`	Символьный вектор или строка для использования в качестве заголовка графика. Заголовок по умолчанию: `FieldName`.
`NotchValue`	Логическое задание типа вычерчиваемых полей. Возможны следующие варианты: `true` - Коробки с вырезами `false` - Квадратные коробки По умолчанию: `false`.
`OrientationValue`	Символьный вектор или строка, задающая ориентацию рамочного графика. Возможны следующие варианты: `'Vertical'` `'Horizontal'` (по умолчанию)
`WhiskerLengthValue`	Значение, определяющее максимальную длину усов как функцию межквартильного диапазона (IQR). Уискер распространяется на самое экстремальное значение данных в пределах `WhiskerLengthValueIQR` коробки. По умолчанию = `1.5`. Если `WhiskerLengthValue`* равняется `0`, то `maboxplot` отображает все значения данных вне поля с помощью графического образа печати `Symbol`.
`BoxPlotValue`	Массив ячеек пар имя/значение свойства для передачи в Toolbox™ статистики и машинного обучения `boxplot` , которая создает рамочный график. Допустимые пары см. в разделе `boxplot` функция.

Описание

maboxplot(MAData) отображает рамочный график значений в столбцах MAData. MAData может быть объектом DataMatrix, числовым массивом или структурой, содержащей поле с именем Data, содержащий данные микрочипов.

maboxplot(MAData, ColumnName) помечает имена столбцов печати полей.

maboxplot(MAStruct, FieldName) отображает рамочный график значений в поле FieldName в структуре данных микрочипа MAStruct. Если MAStruct на основе блоков, maboxplot создает рамочный график значений в поле FieldName для каждого блока.

Примечание

Если вы предоставите MAStruct, без предоставления FieldName, maboxplot использует Signal элемент в ColumnNames поле MAStruct, если данные Affymetrix ® или первый элемент в ColumnNames поле MAStruct, в противном случае.

H = maboxplot(...) возвращает маркер перемещения осей графика поля.

[H, HLines] = maboxplot(...) возвращает дескрипторы строк, используемых для разделения различных блоков в изображении.

maboxplot(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования maboxplot с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

maboxplot(..., 'Title', TitleValue, ...) позволяет задать название графика. Дефолт TitleValue является FieldName.

maboxplot(..., 'Notch', NotchValue, ...) если NotchValue является true, рисует выемки. Значение по умолчанию: false чтобы показать квадратные прямоугольники.

maboxplot(..., 'Symbol', SymbolValue, ...) позволяет указать символ, используемый для значений отклонения. Дефолт Symbol является '+'.

maboxplot(..., 'Orientation', OrientationValue, ...) позволяет задать ориентацию рамочного графика. Выбор: 'Vertical' и 'Horizontal'. Значение по умолчанию: 'Vertical'.

maboxplot(..., 'WhiskerLength', WhiskerLengthValue, ...) позволяет задать длину уискера для рамочного графика. WhiskerLengthValue определяет максимальную длину усов как функцию межквартильного диапазона (IQR) (по умолчанию = 1.5). Уискер распространяется на самое экстремальное значение данных в пределах WhiskerLength*IQR коробки. Если WhiskerLengthValue равняется 0, то maboxplot отображает все значения данных вне поля с помощью графического образа печати Symbol.

maboxplot(..., 'BoxPlot', BoxPlotValue, ...) позволяет указать аргументы для передачи в boxplot , которая создает рамочный график. BoxPlotValue - массив ячеек пар «имя свойства/значение свойства». Допустимые пары см. в разделе boxplot функция.

Примеры

свернуть все

Графики поля отображения для данных микрочипов

Открыть сценарий в реальном времени

В этом примере показано, как отображать прямоугольные графики для данных микрочипов.

Загрузите MAT-файл, поставляемый с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, который содержит дрожжевые данные. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvalues матрица данных экспрессии генов, genes массив ячеек регистрационных номеров GenBank ® для маркировки строк в дрожжевых значениях, иtimes вектор значений времени для маркировки столбцов в дрожжевых значениях.

load yeastdata

Показать рамочный график данных экспрессии генов.

maboxplot(yeastvalues,times);
xlabel('Sample Times');

Figure contains an axes. The axes contains 49 objects of type line.

Используйте gprread создание структуры, содержащей данные микрочипов, и построение графика данных с использованием аргументов пары имя-значение maboxplot функция.

madata = gprread('mouse_a1wt.gpr');
maboxplot(madata,'F635 Median - B635','TITLE', 'Cy5 Channel FG - BG');

Figure contains an axes. The axes with title Cy5 Channel FG - BG contains 56 objects of type line.

См. также

Представлен до R2006a

Документация