Exponenta Banner
exponenta event banner

multialignread

Чтение файла трассы с несколькими последовательностями

Синтаксис

S = multialignread(File)
[Headers, Sequences] = multialignread(File)
... = multialignread(File, 'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue)
... = multialignread(File, 'TimeOut', TimeOutValue)

Входные аргументы

File

Файл выравнивания нескольких последовательностей, указанный одним из следующих параметров:

  • Имя файла или путь и имя файла

  • URL-адрес, указывающий на файл

  • Символьный массив MATLAB ®, содержащий текст файла выравнивания нескольких последовательностей

Можно прочитать общие типы файлов трассы с несколькими последовательностями, например ClustalW (.aln), GCG (.msf) и PHYLIP.

IgnoreGapsValueУправление удалением символов зазоров, таких как '-' или '.', из последовательностей. Варианты: true или false (по умолчанию).
TimeOutValueВремя ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь.

Выходные аргументы

S

Массив структуры MATLAB, содержащий следующие поля:

  • Header - Информация заголовка из файла.

  • Sequence Аминокислотные или нуклеотидные последовательности.

Headers

Массив ячеек, содержащий информацию заголовка из файла.

Sequences

Клеточный массив, содержащий аминокислотные или нуклеотидные последовательности.

Описание

S = multialignread(File) считывает файл выравнивания нескольких последовательностей. Файл содержит несколько строк последовательности, начинающихся с заголовка последовательности, за которым следует необязательный номер (не используется multialignread) и часть последовательности. Множественные последовательности разбиваются на блоки с одинаковым количеством блоков для каждой последовательности. Для просмотра примера файла трассы с несколькими последовательностями введите open aagag.aln в командной строке MATLAB.

Выходные данные, S, является массивом структуры, где S.Header содержит информацию заголовка и S.Sequence содержит аминокислотные или нуклеотидные последовательности.

[Headers, Sequences] = multialignread(File) считывает файл в отдельные переменные, Headers и Sequences, которые представляют собой клеточные массивы, содержащие информацию заголовка и аминокислотные или нуклеотидные последовательности соответственно.

... = multialignread(File, 'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue) управляет удалением любого символа зазора, например, '-' или '.', из последовательностей. Варианты: true или false (по умолчанию).

... = multialignread(File, 'TimeOut', TimeOutValue) задает время ожидания подключения (в секундах) для чтения данных из удаленного файла или URL-адреса.

Примеры

Прочитайте выравнивание нескольких последовательностей полипротеина gag для нескольких штаммов ВИЧ.

gagaa = multialignread('aagag.aln')

gagaa = 

1x16 struct array with fields:
    Header
    Sequence

См. также

| | | | | | |

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка