multialignwrite

Запись нескольких трасс в файл

Синтаксис

multialignwrite(File, Alignment) multialignwrite(..., 'Format', FormatValue, ...) multialignwrite(..., 'Header', HeaderValue, ...) multialignwrite(..., 'WriteCount', WriteCountValue, ...)

Описание

multialignwrite(File, Alignment) записывает содержимое трассы в файл в формате ClustalW ALN (по умолчанию) или MSF.

multialignwrite(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования multialignwrite с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключить каждый PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName нечувствителен к регистру. Эти пары имя/значение свойства следующие:

multialignwrite(..., 'Format', FormatValue, ...) задает формат файла. FormatValue может быть 'ALN' (по умолчанию) или 'MSF'.

multialignwrite(..., 'Header', HeaderValue, ...) указывает первую строку файла. Значение по умолчанию для HeaderValue является 'MATLAB multiple sequence alignment'.

multialignwrite(..., 'WriteCount', WriteCountValue, ...) указывает, следует ли добавлять количество остатков в конец каждой строки. WriteCountValue может быть true (по умолчанию) или false.

Входные аргументы

`Alignment`	Трасса, например, возвращенная `multialign` функция, представленная вектором структур, каждая из которых содержит поля `Header` и `Sequence`.
`File`	Символьный вектор или строка, указывающая либо имя файла, либо путь и имя файла для сохранения данных. Если указано только имя файла, файл сохраняется в браузере текущей папки MATLAB ®. Совет Если используется `.msf` расширение при предоставлении имени файла для `File`данные записываются в файл в формате MSF. В противном случае данные записываются в файл в формате ClustalW ALN. Под столбцами файла в формате ClustalW ALN могут отображаться символы, обозначающие: *`` Остатки или нуклеотиды в колонке идентичны во всех последовательностях в выравнивании. `:` - Консервативные замены существуют в столбце для всех последовательностей в выравнивании. `.`** - В столбце для всех последовательностей в выравнивании существуют полуконсервированные замены. Более подробную информацию об этих символах и группах остатков, считающихся консервативными и полуконсервированными, см. в разделе 12 «Изменения с версии 1.6» по адресу `https://web.mit.edu/seven/src/clustalw-1.82/README`.
`FormatValue`	Символьный вектор или строка, задающая формат `File`. Варианты: `'ALN'` (по умолчанию) или `'MSF'`. Совет Также можно выполнить запись в файл в формате MSF с помощью `.msf` расширение при предоставлении имени файла для `File`.
`HeaderValue`	Символьный вектор или строка, указывающая первую строку файла. Совет Используйте `'Header'` если заголовок файла должен иметь определенный формат для стороннего программного приложения. По умолчанию: `'MATLAB multiple sequence alignment'`
`WriteCountValue`	Указывает, следует ли добавлять количество остатков в конец каждой строки. Варианты: `true` (по умолчанию) или `false`.

Примеры

Используйте fastaread функция для чтения p53samples.txtфайл в формате FASTA, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, который содержит семь последовательностей клеточного опухолевого антигена p53.
```
p53 = fastaread('p53samples.txt')

p53 = 

7x1 struct array with fields:
    Header
    Sequence
```
Используйте multialign функция для выравнивания семи последовательностей клеточного опухолевого антигена р53.
```
ma = multialign(p53,'verbose',true);
```
Запись трассы в файл с именем p53.aln.
```
multialignwrite('p53.aln',ma)
```

См. также

Представлен в R2008b

Документация