Exponenta Banner
exponenta event banner

seqalignviewer

Визуализация и редактирование нескольких последовательностей выравнивания

свернуть все на странице

Синтаксис

seqalignviewer
Seqalignviewer (Выравнивание)
Seqalignviewer (Выравнивание, Имя, Значение)

Описание

пример

seqalignviewer открывает приложение «Выравнивание последовательностей», в котором можно отображать и интерактивно корректировать несколько выравниваний последовательностей.

seqalignviewer(Alignment) загружает группу ранее умноженных выровненных последовательностей в приложение, где можно просматривать и интерактивно корректировать выравнивание.

seqalignviewer(Alignment,Name,Value) открывает приложение с дополнительными параметрами, указанными одним или несколькими Name,Value аргументы пары.

Совет

Если промежутки доступны после выбора блока из выровненных последовательностей, можно перетащить и переместить по горизонтали три области:

  • Выбранный блок

  • Блок слева от выделенной области

  • Блок справа от выделенной области

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Загрузите и просмотрите файл трассы с несколькими последовательностями.

seqalignviewer('aagag.aln')

Figure Biological Sequence Alignment - 1 contains 3 axes and other objects of type uipanel, uitoolbar, uimenu. Axes 1 contains 2 objects of type text, patch. Axes 2 contains 5 objects of type image, text, patch. Axes 3 contains 6 objects of type image, patch, text.

Можно также щелкнуть Последовательность выравнивания на вкладке Приложения, чтобы открыть приложение и просмотреть данные выравнивания.

Можно также создать филогенетическое дерево из выровненных последовательностей в приложении. Выберите меню «Отображение» > «Просмотреть дерево».

Входные аргументы

свернуть все

Данные выравнивания нескольких последовательностей (MSA), указанные как:

  • Структура MATLAB ®, содержащая Sequence поле, например, возвращенное fastaread, gethmmalignment, multialign, или multialignread

  • Символьный массив или вектор столбца строк, содержащих данные MSA, например, возвращенные multialign

  • Вектор символов, указывающий файл или URL-адрес, содержащий данные MSA

  • 3-by-N символьный массив, показывающий попарное выравнивание двух последовательностей, например, возвращаемых nwalign или swalign.

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'Alphabet','AA' указывает, что выровненные последовательности являются аминокислотными последовательностями.

Тип выровненных последовательностей, указанный как 'AA' для аминокислотных последовательностей или 'NT' для нуклеотидных последовательностей. Если тип не указан, seqalignviewer пытается определить правильный тип. Если невозможно, по умолчанию устанавливается значение 'AA'.

Пример: 'Alphabet','AA'

Список имен для маркировки последовательностей в окне выравнивания, указанный как массив структур MATLAB, содержащий Header или Name поле, массив ячеек символьных векторов или строковый вектор. Количество элементов в любом массиве должно совпадать с количеством последовательностей в данных трассы Alignment.

Пример: 'SeqHeaders',names

Вопросы совместимости

развернуть все

Ошибки, начинающиеся с R2017b

См. также

| | | | | | | |

Темы

Представлен в R2012b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка