mspalign

Выравнивание масс-спектров из нескольких пиковых списков из набора данных LC/MS или GC/MS

Синтаксис

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist) [CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'Quantile', QuantileValue, ...) [CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'EstimationMethod', EstimationMethodValue, ...) [CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'CorrectionMethod', CorrectionMethodValue, ...) [CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'ShowEstimation', ShowEstimationValue, ...)

Входные аргументы

`Peaklist`	Клеточный массив пиковых списков из набора данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (ЖХ/МС) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (ГХ/МС). Каждый элемент в массиве ячеек представляет собой матрицу из двух столбцов со значениями m/z в первом столбце и значениями интенсивности ионов во втором столбце. Каждый элемент соответствует спектру или времени удерживания. Примечание Вы можете использовать `mzxml2peaks` функции или `mspeaks` для создания `Peaklist` массив ячеек.
`QuantileValue`	Значение, определяющее, какие пики выбираются методом оценки для создания `CMZ`, вектор общих значений m/z. Варианты - это любое значение `≥ 0` и `≤ 1`. По умолчанию: `0.95`.
`EstimationMethodValue`	Символьный вектор или строка, задающая метод оценки `CMZ`, вектор общих значений масса/заряд (m/z). Возможны следующие варианты: `histogram` - Метод по умолчанию. Местоположения пиков группируются с использованием подхода оценки плотности ядра. Пиковая интенсивность ионов используется в качестве весового коэффициента. Центр всех кластеров соответствует `CMZ` вектор. `regression` - Берет выборку расстояний между наблюдаемыми значительными пиками и регрессирует межпиковое расстояние для создания `CMZ` вектор с аналогичными межэлементными расстояниями.
`CorrectionMethodValue`	Символьный вектор или строка, задающая метод выравнивания каждого списка пиков по `CMZ` вектор. Возможны следующие варианты: `nearest-neighbor` - Метод по умолчанию. Для каждого общего пика в `CMZ` вектор, его аналог в каждом списке пиков является пиком, который ближе всего к значению m/z общего пика. `shortest-path` - Для каждого общего пика в `CMZ` вектор, его аналог в каждом списке пиков выбирается с использованием алгоритма кратчайшего пути.
`ShowEstimationValue`	Управляет отображением графика оценки относительно метода оценки и вектора общих значений массы/заряда (m/z). Варианты: `true` или `false`. Значение по умолчанию: `false` - Когда указаны возвращаемые значения. `true` - Когда возвращаемые значения не указаны.

Выходные аргументы

`CMZ`	Вектор значений общей массы/заряда (m/z), оцененных по `mspalign` функция.
`AlignedPeaks`	Массив ячеек списков пиков с той же формой, что и `Peaklist`, но с скорректированными значениями m/z в первом столбце каждой матрицы.

Описание

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist) выравнивает масс-спектры из нескольких пиковых списков (центроидализированные данные) путем первой оценки CMZвектор общих значений масса/заряд (m/z), оцененный путем учета пиков во всех спектрах в Peaklistмассив ячеек списков пиков, где каждый элемент соответствует спектру или времени удержания. Затем он выравнивает пики в каждом спектре по значениям в CMZ, создание AlignedPeaksмассив ячеек выровненных списков пиков.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования mspalign с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'Quantile', QuantileValue, ...) определяет, какие пики выбираются методом оценки для создания CMZ, вектор общих значений m/z. Варианты являются скаляром между 0 и 1. По умолчанию: 0.95.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'EstimationMethod', EstimationMethodValue, ...) указывает метод, используемый для оценки CMZ, вектор общих значений масса/заряд (m/z). Возможны следующие варианты:

histogram - Метод по умолчанию. Местоположения пиков группируются с использованием подхода оценки плотности ядра. Пиковая интенсивность ионов используется в качестве весового коэффициента. Центр всех кластеров соответствует CMZ вектор.
regression - Берет выборку расстояний между наблюдаемыми значительными пиками и регрессирует межпиковое расстояние для создания CMZ вектор с аналогичными межэлементными расстояниями.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'CorrectionMethod', CorrectionMethodValue, ...) задает метод, используемый для выравнивания каждого списка пиков с CMZ вектор. Возможны следующие варианты:

nearest-neighbor - Метод по умолчанию. Для каждого общего пика в CMZ вектор, его аналог в каждом списке пиков является пиком, который ближе всего к значению m/z общего пика.
shortest-path - Для каждого общего пика в CMZ вектор, его аналог в каждом списке пиков выбирается с использованием алгоритма кратчайшего пути.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'ShowEstimation', ShowEstimationValue, ...) управляет отображением графика оценки относительно метода оценки и оценочным вектором значений общей массы/заряда (m/z). Варианты: true или false. Значение по умолчанию:

false - Когда указаны возвращаемые значения.
true - Когда возвращаемые значения не указаны.

Примеры

Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, который содержит переменные данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS), включая peaks и ret_time. peaks является массивом ячеек пиковых списков, где каждый элемент является матрицей из двух столбцов значений m/z и значений интенсивности ионов, и каждый элемент соответствует спектру или времени удержания. ret_time - вектор столбца времени хранения, связанный с набором данных LC/MS.
```
load lcmsdata
```
Выполните повторную выборку неориентированных данных, отобразите их на тепловой карте, а затем наложите точечный график.
```
[MZ,Y] = msppresample(ms_peaks,5000);
msheatmap(MZ,ret_time,log(Y))
```
```
msdotplot(ms_peaks,ret_time)
```
Нажмите кнопку «Увеличить», а затем два или три раза щелкните точечный график, чтобы увеличить масштаб изображения и увидеть, как точки, представляющие пики, накладываются на изображение тепловой карты.
Выровняйте списки пиков из масс-спектров с помощью методов оценки и коррекции по умолчанию.
```
[CMZ, aligned_peaks] = mspalign(ms_peaks);
```
Выполните повторную выборку неориентированных данных, отобразите их на тепловой карте, а затем наложите точечный график.
```
[MZ2,Y2] = msppresample(aligned_peaks,5000);
msheatmap(MZ2,ret_time,log(Y2))
```
```
msdotplot(aligned_peaks,ret_time)
```
Свяжите оси двух тепловых графиков и увеличьте масштаб изображения, чтобы увидеть детали для сравнения несцентрированных и выровненных наборов данных LC/MS.
```
linkaxes(findobj(0,'Tag','MSHeatMap'))
axis([480 532 375 485])
```

Ссылки

[1] Джеффрис, Н. (2005) Алгоритмы выравнивания протеомных данных масс-спектрометрии. Биоинфоматика 21:14, 3066-3073.

[2] Purvine, S., Kolker, N. и Kolker, E. (2004) Оценка спектрального качества для высокопрочной тандемной масс-спектрометрии протеомики. OMICS: Журнал интегративной биологии 8:3, 255-265.

См. также

Темы

Представлен в R2007a

Документация