msdotplot

Печать набора пиковых списков из набора данных LC/MS или GC/MS

Синтаксис

msdotplot(Peaklist, Times) msdotplot(FigHandle, Peaklist, Times) msdotplot(..., 'Quantile', QuantileValue) PlotHandle = msdotplot(...)

Входные аргументы

`Peaklist`	Массив ячеек пиковых списков, где каждый элемент представляет собой матрицу из двух столбцов со значениями m/z в первом столбце и значениями интенсивности ионов во втором столбце. Каждый элемент соответствует спектру или времени удерживания. Совет Вы можете использовать `mzxml2peaks` для создания `Peaklist` массив ячеек.
`Times`	Вектор времени хранения, связанный с набором данных LC/MS или GC/MS. Количество элементов в `Times` равно количеству элементов в массиве ячеек `Peaklist`. Совет Вы можете использовать `mzxml2peaks` для создания `Times` вектор.
`FigHandle`	Обращение к открытому окну «Рисунок», например, созданному `msheatmap` функция.
`QuantileValue`	Значение, указывающее процент. Когда пики ранжируются по интенсивности, строятся только те пики, которые ранжируются выше этого процента. Варианты - это любое значение `≥ 0` и `≤ 1`. По умолчанию: `0`. Например, настройка `QuantileValue` = `0` печать всех пиков и настройка `QuantileValue` = `0.8` строит графики только 20% наиболее интенсивных пиков.

Выходные аргументы

PlotHandle Привязка к объекту серии линий (рисунок).

Описание

msdotplot(Peaklist, Times) строит график набора пиковых списков из набора данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (GC/MS), представленного Peaklist, массив ячеек из списков пиков, где каждый элемент является матрицей из двух столбцов со значениями m/z в первом столбце и значениями интенсивности ионов во втором столбце, и Timesвектор времени удерживания, связанный со спектрами. Peaklist и Times имеют одинаковое количество элементов. Данные выводятся на печать в любой существующей фигуре, созданной msheatmap функция; в противном случае данные выводятся на печать в новом окне «Рисунок».

msdotplot(FigHandle, Peaklist, Times) отображает набор списков пиков в осях, содержащихся в открытом окне «Рисунок» с ручкой FigHandle.

Совет

Этот синтаксис полезен для наложения точечного графика поверх тепловой карты масс-спектрометрических данных, созданных с помощью msheatmap функция.

msdotplot(..., 'Quantile', QuantileValue) строит графики только наиболее интенсивных пиков, особенно в процентах выше указанного QuantileValue. Варианты - это любое значение ≥ 0 и ≤ 1. По умолчанию: 0. Например, настройка QuantileValue = 0 печать всех пиков и настройка QuantileValue = 0.8 строит графики только 20% наиболее интенсивных пиков.

PlotHandle = msdotplot(...) возвращает маркер к объекту серии линий (график рисунка). Этот дескриптор можно использовать в качестве входных данных для get для отображения списка свойств графика. Этот дескриптор можно использовать в качестве входных данных для set для изменения свойств графика, включая отображение и скрытие точек.

Примеры

Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, который содержит переменные данных LC/MS, включая peaks и ret_time. peaks является массивом ячеек пиковых списков, где каждый элемент является матрицей из двух столбцов значений m/z и значений интенсивности ионов, и каждый элемент соответствует спектру или времени удержания. ret_time - вектор столбца времени хранения, связанный с набором данных LC/MS.
```
load lcmsdata
```
Создайте точечный график, содержащий только 5% наиболее интенсивных пиков.
```
msdotplot(ms_peaks,ret_time,'Quantile',0.95)
```
Выполните повторную выборку данных, а затем создайте тепловую карту данных LC/MS.
```
[MZ,Y] = msppresample(ms_peaks,5000);
msheatmap(MZ,ret_time,log(Y))
```
Наложите точечный график на тепловую карту, а затем увеличьте изображение, чтобы увидеть подробности.
```
msdotplot(ms_peaks,ret_time)
axis([480 532 375 485])
```

См. также

Темы

Представлен в R2007a

Документация