pdbdistplot

Визуализация межмолекулярных расстояний в файле банка данных белка (PDB)

Синтаксис

pdbdistplot(PDBid) pdbdistplot(PDBid, Distance) pdbdistplot(___,'Chain',ChainID) pdbdistplot(___,'Model',ModelNum) pdbdistplot(___,'Hetero',TF)

Аргументы

`PDBid`	Любое из следующих действий: Символьный вектор или строка, указывающая уникальный идентификатор для записи структуры белка. Имя переменной для структуры MATLAB ®, содержащей информацию PDB для молекулярной структуры, например, `getpdb` или `pdbread`. Имя файла, содержащего информацию PDB для молекулярной структуры, например, созданного `getpdb` с `'ToFile'` собственность. Примечание Каждая структура в базе данных PDB представлена четырехсимвольным буквенно-цифровым идентификатором. Например, `4hhb` - идентификационный код гемоглобина.
`Distance`	Пороговое расстояние в ангстремах, показанное на шпионском графике. По умолчанию: `7`.
`ChainID`	Любое из следующих действий: Символьный вектор или строка, указывающая идентификатор рассматриваемой цепочки. Массивы ячеек символьных векторов или строковых векторов, задающих список рассматриваемых идентификаторов цепей. `ChainID` чувствителен к регистру. По умолчанию учитываются все цепи, включенные в модель.
`ModelNum`	Положительное целое число, указывающее, какую модель рассматривать. Значение по умолчанию - 1.

Описание

pdbdistplot отображает расстояния между атомами и между остатками в структуре PDB.

pdbdistplot(PDBid) извлекает структуру, указанную PDBid из базы данных PDB и создает тепловую карту, показывающую расстояния между остатками, и шпионский график, показывающий остатки, где минимальные расстояния друг от друга меньше, чем 7 ангстремы. Если в присутствует несколько цепей PDBidсоздаются отдельные графики.

pdbdistplot(PDBid, Distance) определяет пороговое расстояние, показанное на шпионском графике. По умолчанию: 7.

pdbdistplot(___,'Chain',ChainID) определяет цепочки, которые следует учитывать. По умолчанию учитываются все цепи, включенные в модель.

pdbdistplot(___,'Model',ModelNum) указывает, какую структурную модель PDB следует рассмотреть. Значение по умолчанию - 1.

pdbdistplot(___,'Hetero',TF) указывает, включать ли гетероатомы в график взаимодействий остатков. TF является логическим, true или false. По умолчанию: false.