Рисование графика Рамачандрана для данных банка данных белка (PDB)
ramachandran(PDBid)
ramachandran(File)
ramachandran(PDBStruct)
RamaStruct = ramachandran(...)
ramachandran(..., 'Chain', ChainValue, ...)
ramachandran(..., 'Plot', PlotValue, ...)
ramachandran(..., 'Model', ModelValue, ...)
ramachandran(..., 'Glycine', GlycineValue, ...)
ramachandran(..., 'Regions', RegionsValue, ...)
ramachandran(..., 'RegionDef', RegionDefValue, ...)
PDBid | Символьный вектор или строка, указывающая уникальный идентификатор для записи структуры белка в базе данных PDB. Примечание Каждая структура в базе данных PDB представлена четырехсимвольным буквенно-цифровым идентификатором. Например, |
File | Символьный вектор или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла. Указанный файл является форматированным файлом банка данных белка (PDB). Если указано только имя файла, этот файл должен находиться в пути поиска MATLAB ® или в текущем каталоге MATLAB. |
PDBStruct | Структура MATLAB, содержащая данные в формате PDB, например, возвращенные getpdb или pdbread. |
ChainValue | Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих цепочки для вычисления углов кручения и построения графика . Возможны следующие варианты:
|
PlotValue | Символьный вектор или строка, указывающая способ печати цепочек. Возможны следующие варианты:
|
ModelValue | Целое число, указывающее рассматриваемую модель структуры. По умолчанию: 1. |
GlycineValue | Управляет подсвечиванием остатков глицина окружностью на графике. Варианты: true или false (по умолчанию). |
RegionsValue | Управляет чертежом опорных областей Рамачандрана на графике. Варианты: Области по умолчанию являются центральными правыми альфа, ядром бета, ядром левой альфа и разрешены, причем области ядра соответствуют точкам данных предпочтительных значений пар углов psi/phi и допустимые области соответствуют возможным, но отклоненным значениям пар углов psi/phi, основываясь на простых энергетических соображениях. Границы этих областей по умолчанию основаны на расчетах Morris et al., 1992. Примечание Если используется карта цветов по умолчанию, красный = альфа-ядро правой руки, бета-ядро и альфа-ядро левой руки, тогда как желтый = разрешен. |
RegionDefValue | Структура MATLAB или массив структур (если указывается несколько областей), содержащих информацию (имя, цвет и границы) для пользовательских опорных областей на графике Рамачандрана. Каждая структура должна содержать следующие поля:
Совет При указании пользовательских опорных областей, в которых содержится или покрывается большая область, сначала в массиве перечислите структуру для меньшей области, чтобы она была выведена на печать последней и видимой на графике. |
RamaStruct | Структура MATLAB или массив структур (если белок содержит несколько цепей). Каждая структура содержит следующие поля:
Описание полей см. в следующей таблице. |
График Рамачандрана - это график угла кручения phi, Start, (угол кручения между C-N-CA-C атомы) по сравнению с углом кручения psi, (угол кручения между N-CA-C-N атомы) для каждого остатка белковой последовательности.
ramachandran( генерирует график Рамачандрана для белка, указанного идентификатором базы данных PDB PDBid)PDBid.
ramachandran( генерирует график Рамачандрана для белка, указанного File)File, файл в формате PDB.
ramachandran( генерирует график Рамачандрана для белка, хранящегося в PDBStruct)PDBStruct, структура MATLAB, содержащая данные в формате PDB, такие как возвращенные getpdb или pdbread.
RamaStruct = ramachandran(...)
| Область | Описание |
|---|---|
Angles | Матрица с тремя столбцами, содержащая углы кручения phi (Start), psi (Start) и omega (λ) для каждого остатка в последовательности, упорядоченные по порядковому номеру остатка. Количество строк в матрице равно количеству строк в Примечание |
ResidueNum | Вектор столбца, содержащий порядковые номера остатков из файла PDB. Примечание
Углы, перечисленные в |
ResidueName | Вектор-колонка, содержащий названия остатков белка. |
Chain | Символьный вектор или строка, задающая цепочки в белке. |
HPoints | Обработайте точки данных на графике. |
ramachandran(..., ' требования PropertyName', PropertyValue, ...)ramachandran с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
ramachandran(..., 'Chain', определяет цепь (цепи) для вычисления углов кручения и построения графика. Возможны следующие варианты:ChainValue, ...)
'All' (по умолчанию) - вычисляются и печатаются углы кручения для всех цепей.
Символьный вектор или строка, задающая идентификатор цепочки, чувствительный к регистру.
Массив ячеек символьных векторов или строковых векторов, задающих идентификаторы цепей, которые чувствительны к регистру.
ramachandran(..., 'Plot', определяет способ печати цепей. Возможны следующие варианты:PlotValue, ...)
'None' - Ничего не строит.
'Separate' - строит графики углов кручения для всех указанных цепей на отдельных графиках.
'Combined' (по умолчанию) - строит графики углов кручения для всех указанных цепей в одном комбинированном графике.
ramachandran(..., 'Model', определяет структурную модель для рассмотрения. По умолчанию: ModelValue, ...)1.
ramachandran(..., 'Glycine', управляет подсвечиванием остатков глицина окружностью на графике. Варианты: GlycineValue, ...)true или false (по умолчанию).
ramachandran(..., 'Regions', управляет чертежом опорных областей Рамачандрана на графике. Варианты: RegionsValue, ...)true или false (по умолчанию).
Области по умолчанию являются центральными правыми альфа, ядром бета, ядром левой альфа и разрешены, причем области ядра соответствуют точкам данных предпочтительных значений пар углов psi/phi и допустимые области соответствуют возможным, но отклоненным значениям пар углов psi/phi, основываясь на простых энергетических соображениях. Границы этих областей по умолчанию основаны на расчетах Morris et al., 1992.
Примечание
Если используется карта цветов по умолчанию, то красный = основная правая альфа, ядро бета и ядро левосторонняя альфа, в то время как желтый = разрешен.
ramachandran(..., 'RegionDef', задает информацию (имя, цвет и границу) для пользовательских опорных областей на графике Рамачандрана. RegionDefValue, ...)RegionDefValue - структура MATLAB или массив структур, содержащий следующие поля:
Name - символьный вектор или строка, указывающая имя области.
Color - символьный вектор или строковый или трехэлементный числовой вектор значений RGB, задающий цвет для области на графике.
Patch - 2-by-N матрица значений, причем первая строка содержит значения угла кручения phi (Start), а вторая строка содержит значения угла кручения psi («» («» Start« »). При печати пар углов psi/phi точки данных определяют границу области. N - количество точек данных, необходимых для определения области.
Совет
При указании пользовательских опорных областей, в которых содержится или покрывается большая область, сначала в массиве перечислите структуру для меньшей области, чтобы она была выведена на печать последней и видимой на графике.
Нарисуйте график Рамачандрана для человеческого сывороточного альбумина в комплексе с октадекановой кислотой, которая имеет идентификатор базы данных PDB 1E7I.
ramachandran('1E7I')
Используйте getpdb функция для извлечения данных о структуре белка для гормона роста человека из базы данных PDB и сохранения информации в файле.
getpdb('1a22','ToFile','1a22.pdb');Вычислите углы кручения и нарисуйте график Рамачандрана для цепи А человеческого гормона роста, представленного в файле pdb, 1a22.pdb.
ChainA1a22Struct = ramachandran('1a22.pdb','chain','A')
ChainA1a22Struct =
Angles: [191x3 double]
ResidueNum: [191x1 double]
ResidueName: {191x1 cell}
Chain: 'A'
HPoints: 370.0012
Используйте getpdb функция для извлечения данных о структуре белка для гормона роста человека из базы данных PDB и сохранения информации в структуре.
Struct1a22 = getpdb('1a22');Нарисуйте комбинированный график Рамачандрана для всех цепей человеческого гормона роста, представленных в структуре pdb, 1a22Struct. Выделите остатки глицина (с окружностью) и нарисуйте опорные области Рамачандрана на графике.
ramachandran(Struct1a22,'glycine',true,'regions',true);
Совет
Щелкните точку данных, чтобы отобразить подсказку с информацией об остатке. Щелкните область, чтобы отобразить подсказку данных, определяющую область. Нажмите и удерживайте клавишу Alt для отображения нескольких подсказок по данным.
Нарисуйте отдельный график Рамачандрана для каждой цепи человеческого гормона роста, представленного в структуре pdb, 1a22Struct. Выделите остатки глицина (с окружностью) и нарисуйте опорные области Рамачандрана на графике.
ramachandran(Struct1a22,'plot','separate','chain','all',...
'glycine',true,'regions',true)
Создайте массив из двух структур, содержащих углы кручения для цепей A и D в кальций/кальмодулин-зависимой протеинкиназе, которая имеет идентификатор базы данных PDB 1hkx.
a = ramachandran('1hkx', 'chain', {'A', 'D'})
a =
1x2 struct array with fields:
Angles
ResidueNum
ResidueName
Chain
HPointsЗапишите файл отчета с разделителями табуляцией, содержащий углы кручения phi (Start) и psi (Start) для цепей A и D в кальций/кальмодулин-зависимой протеинкиназе.
fid = fopen('rama_1hkx_report.txt', 'wt');
for c = 1:numel(a)
for i = 1:length(a(c).Angles)
if ~all(isnan(a(c).Angles(i,:)))
fprintf(fid,'%s\t%d\t%s\t%f\t%f\n', a(c).Chain, ...
a(c).ResidueNum(i), a(c).ResidueName{i}, ...
a(c).Angles(i,1:2));
end
end
end
fclose(fid);
Просмотрите файл, созданный в редакторе MATLAB.
edit rama_1hkx_report.txt
[1] Моррис, А.Л., Макартур, М.У., Хатчинсон, например, и Торнтон, Дж. М. (1992). Стереохимическое качество координат белковой структуры. БЕЛКИ: структура, функция и генетика 12, 345-364.
getpdb | molviewer | pdbdistplot | pdbread | proteinpropplot