Запись объекта филогенетического дерева в файл в формате Newick
phytreewrite(File, Tree)
phytreewrite(Tree)
phytreewrite(..., 'Distances', DistancesValue, ...)
phytreewrite(..., 'BranchNames', BranchNamesValue, ...)
File | Символьный вектор или строка, указывающая имя файла в формате Newick (текстовый файл ASCII), путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. |
Tree | Объект филогенетического дерева, созданный с помощью phytree(функция конструктора объекта) или импортирована с помощью phytreeread функция. |
phytreewrite( копирует содержимое File, Tree)phytree из рабочей области MATLAB ® в файл. Данные в файле используют формат Newick для описания деревьев.
phytreewrite( открывает диалоговое окно Сохранить филогенетическое дерево как (Save Phylogenetic Tree As), в котором можно ввести или выбрать имя файла.Tree)
phytreewrite(..., ' требования PropertyName', PropertyValue, ...)phytreewrite с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключить каждый PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName нечувствителен к регистру. Эти пары имя/значение свойства следующие:
phytreewrite(..., 'Distances', указывает, следует ли исключить расстояния из выходных данных. DistancesValue, ...)DistancesValue может быть true (по умолчанию) или false.
phytreewrite(..., 'BranchNames', указывает, следует ли исключить имена ветвей из выходных данных. BranchNamesValue, ...)BranchNamesValue может быть true (по умолчанию) или false.
Считывание данных дерева из файла в формате Newick.
tr = phytreeread('pf00002.tree')
Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)Удалите все белки мыши и просмотрите обрезанное дерево.
ind = getbyname(tr,'mouse'); tr = prune(tr,ind); view(tr)
Запись обрезанных данных дерева в файл.
phytreewrite('newtree.tree',tr)