переупорядочение (фитри)

Переупорядочить листья филогенетического дерева

Синтаксис

Tree1Reordered = reorder(Tree1, Order) [Tree1Reordered, OptimalOrder] = reorder(Tree1, Order, 'Approximate', ApproximateValue) [Tree1Reordered, OptimalOrder] = reorder(Tree1, Tree2)

Входные аргументы

`Tree1`, `Tree2`	Фитриевые объекты.
`Order`	Вектор с индексами положения для каждого листа.
`ApproximateValue`	Управляет использованием расчета оптимального порядка листьев для нахождения наиболее близкого к предложенному порядка без разделения кладок или создания пересекающихся ветвей. Войти `true` для использования расчета. По умолчанию: `false`.

Выходные аргументы

`Tree1Reordered`	Фитриевый объект с переупорядоченными листьями.
`OptimalOrder`	Вектор индексов положения для каждого листа в `Tree1Reordered`, определяется оптимальным расчетом порядка листьев.

Описание

Tree1Reordered = reorder(Tree1, Order) переупорядочивает листья филогенетического дерева Tree1, не изменяя свою структуру и расстояния, создавая новое филогенетическое дерево, Tree1Reordered. Order - вектор индексов положения для каждого листа. Если Order недействителен, то есть если он разделяет клады (или производит пересекающиеся ветви), то reorder возвращает сообщение об ошибке.

[Tree1Reordered, OptimalOrder] = reorder(Tree1, Order, 'Approximate', ApproximateValue) управляет использованием расчета оптимального порядка листьев, который находит наилучший приблизительный порядок, ближайший к предложенному, без разделения кладок или получения пересекающихся ветвей. Войти true для использования расчета и возврата Tree1Reordered, переупорядоченное дерево и OptimalOrderвектор индексов положения для каждого листа в Tree1Reordered, определяется оптимальным расчетом порядка листьев. По умолчанию: false.

[Tree1Reordered, OptimalOrder] = reorder(Tree1, Tree2) использует оптимальный расчет порядка листьев для переупорядочивания листьев в Tree1 таким образом, чтобы он соответствовал порядку листьев в Tree2 как можно ближе, без разделения кладок или образования пересекающихся ветвей. Tree1Reordered является переупорядоченным деревом, и OptimalOrder - вектор индексов положения для каждого листа в Tree1Reordered, определяется оптимальным расчетом порядка листьев

Примеры

Пример 68. Переупорядочивание отпусков с использованием действительного заказа

Создание и просмотр филогенетического дерева.

b = [1 2; 3 4; 5 6; 7 8; 9 10];
tree = phytree(b)
   Phylogenetic tree object with 6 leaves (5 branches)
view(tree)

Измените порядок листьев филогенетического дерева, а затем просмотрите переупорядоченное дерево.
```
 treeReordered = reorder(tree, [5, 6, 3, 4, 1, 2])
 view(treeReordered)
```

Пример 69. Поиск наилучшего приближенного порядка при использовании недопустимого порядка

Создание филогенетического дерева путем чтения файла дерева в формате Newick (текстовый файл ASCII).
```
tree = phytreeread('pf00002.tree')
    Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)
```
Создайте вектор строк имен листьев в алфавитном порядке.
```
[dummy,order] = sort(get(tree,'LeafNames'));
```
Переупорядочить филогенетическое дерево максимально близко соответствовать вектору строк алфавитно-упорядоченных названий листьев, не разделяя клады и не имея пересекающихся ветвей.
```
treeReordered = reorder(tree,order,'approximate',true)
    Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches) 
```
Просмотр исходного и переупорядоченного филогенетических деревьев.
```
view(tree)
view(treeReordered)   
```

Пример 70. Переупорядочивание листьев в соответствии с порядком листьев в другом филогенетическом дереве

Создание филогенетического дерева путем считывания данных последовательности из файла FASTA, вычисления попарных расстояний между последовательностями и последующего использования метода соединения соседей.
```
seqs = fastaread('pf00002.fa')

seqs = 

33x1 struct array with fields:
    Header
    Sequence

dist = seqpdist(seqs,'method','jukes-cantor','indels','pair');
NJtree = seqneighjoin(dist,'equivar',seqs)
    Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)
```
Создайте другое филогенетическое дерево из тех же данных последовательности и попарных расстояний между последовательностями, используя метод одной связи.
```
HCtree = seqlinkage(dist,'single',seqs)
    Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)   
```
Используйте оптимальный расчет заказа листьев для переупорядочивания листьев в HCtree таким образом, чтобы он соответствовал порядку листьев в NJtree как можно ближе, не разделяя клады и не имея пересекающихся ветвей.
```
HCtree_reordered = reorder(HCtree,NJtree)
    Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)      
```
Просмотрите переупорядоченное филогенетическое дерево и дерево, используемое для его переупорядочивания.
```
view(HCtree_reordered)
view(NJtree)   
```

См. также

get | getbyname | phytree | prune

Темы

объект phytree

Представлен в R2007a

Документация