Exponenta Banner
exponenta event banner

обрезка (фитри)

Удалить узлы ветвей из филогенетического дерева

Синтаксис

T2 = prune(T1, Nodes)
T2 = prune(T1, Nodes, 'Mode','Exclusive')

Аргументы

T1Филогенетический объект, созданный с помощью phytree функция конструктора.
Nodes

Узлы для удаления из дерева.

Mode

Свойство для управления методом отсечения. Введите либо 'Inclusive' или 'Exclusive'. Значение по умолчанию: 'Inclusive'.

Описание

T2 = prune(T1, Nodes)удаляет узлы, перечисленные в векторе Nodes из дерева T1. prune удаляет любые ветви или конечные узлы, перечисленные в Nodes и всех их потомков от дерева T1и возвращает измененное дерево T2. Родительские узлы подключаются к «братьям» по мере необходимости. Nodes в дереве помечены как [1:numLeaves] для листьев и [numLeaves+1:numLeaves+numBranches] для ветвей. Nodes также может быть логическим массивом размера [numLeaves+numBranches x 1] с указанием удаляемых узлов.

T2 = prune(T1, Nodes, 'Mode','Exclusive') изменяет Mode свойство для отсечения до 'Exclusive' и удаляет только потомков узлов, перечисленных в векторе Nodes. Узлы, не имеющие предшественника, становятся листами в списке Nodes. В этом случае обрезка - это процесс сокращения дерева путём превращения некоторых узлов ветви в листовые узлы, и удаления листовых узлов под исходной ветвью.

Примеры

Загрузить филогенетическое дерево, созданное из семейства белков

tr = phytreeread('pf00002.tree');
view(tr)

Удалить все «мышиные» белки 

ind = getbyname(tr,'mouse');
tr = prune(tr,ind);
view(tr)

Удаление потенциальных отклонений в дереве

[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
                             'threshold',.3,...
                             'reference','leaves',...
                             'exclude','leaves',...
                             'propagate','toleaves');
tr = prune(tr,~sel_leaves)
view(tr)

См. также

| | |

Темы

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка