Exponenta Banner
exponenta event banner

sffinfo

Возврат информации о файле SFF

Синтаксис

InfoStruct = sffinfo(File)

Описание

InfoStruct = sffinfo(File) возвращает структуру MATLAB ®, содержащую сводную информацию о файле стандартного формата Flowgram (SFF).

Входные аргументы

File

Символьный вектор или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла SFF, созданного в версии 1.0 программного обеспечения для анализа данных системы Genome Sequencer System от 454 Life Sciences ®. Если указано только имя файла, он должен находиться в пути поиска MATLAB или в текущей папке.

Выходные аргументы

InfoStruct

Структура MATLAB содержит сводную информацию о файле SFF. Структура содержит следующие поля.

ОбластьОписание
FilenameИмя файла.
FileModDateДата изменения файла.
FileSizeРазмер файла в байтах.
Version Номер версии файла.
FlowgramCode Код формата, используемого для кодирования значений flowgram.
NumberOfReads Количество операций чтения последовательности в файле.
NumberOfFlowsPerRead Количество потоков для каждого чтения.
FlowCharsОснования, используемые в каждом потоке.
KeySequence Символьный вектор оснований в последовательности клавиш.

Примеры

Файл SFF, SRR013472.sff, используемый в этом примере не поставляется с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™. Образцы файлов SFF можно загрузить из:

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/

Возвращает сводку содержимого файла SFF:

info = sffinfo('SRR013472.sff')

info = 

                Filename: 'SRR013472.sff'
             FileModDate: '23-Feb-2009 15:14:36'
                FileSize: 6632392
                 Version: [0 0 0 1]
            FlowgramCode: 1
           NumberOfReads: 3546
    NumberOfFlowsPerRead: 440
               FlowChars: [1x440 char]
             KeySequence: 'TCAG'

См. также

| | | | | | | |

Внешние веб-сайты

Представлен в R2009b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка