sffread

Считывание данных из файла SFF

Синтаксис

SFFStruct = sffread(File) sffread(..., 'Blockread', BlockreadValue, ...) sffread(..., 'Feature', FeatureValue, ...)

Описание

SFFStruct = sffread(File) считывает файл стандартного формата Flowgram (SFF) и возвращает данные в массиве структур MATLAB ®.

sffread(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования sffread с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключить каждый PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName нечувствителен к регистру. Эти пары имя/значение свойства следующие:

sffread(..., 'Blockread', BlockreadValue, ...) считывает одну запись последовательности или блок записей последовательности из файла SFF, содержащего несколько последовательностей.

sffread(..., 'Feature', FeatureValue, ...) указывает информацию для включения в структуру возврата.

Входные аргументы

File

Символьный вектор или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла SFF, созданного в версии 1.0 программного обеспечения для анализа данных системы Genome Sequencer System от 454 Life Sciences ®. Если указано только имя файла, он должен находиться в пути поиска MATLAB или в текущей папке.

BlockreadValue

Скаляр или вектор, который управляет считыванием одной записи последовательности или блока записей последовательности из SFF-файла, содержащего несколько последовательностей. Введите скаляр N, чтобы прочитать N-я запись в файле. Введите вектор 1 на 2 [M1, M2], чтобы прочитать блок записей, начиная с M1 вход и окончание в M2 вход. Чтение всех оставшихся записей в файле, начиная с M1 введите положительное значение для M1 и введите Inf для M2.

FeatureValue

Символьный вектор или строка, указывающая информацию, включаемую в структуру вывода. Символьный вектор или строка включает буквы из алфавита H, S, Q, C, F, и I, которые представляют поля Header, Sequence, Quality, Clipping, FlowgramValue, и FlowgramIndexсоответственно.

По умолчанию: 'HSQ'

Выходные аргументы

SFFStruct

Массив структур, содержащих информацию из файла SFF. Существует одна структура для каждого чтения или записи в файле. Каждая структура содержит одно или несколько следующих полей.

Область	Описание
`Header`	Универсальный номер присоединения.
`Sequence`	Численное представление нуклеотидной последовательности.
`Quality`	Показатели качества на базу.
`Clipping`	Отсечение граничных положений.
`FlowgramValue`	Последовательность значений интенсивности потока.
`FlowgramIndex`	Последовательность индексов интенсивности потока.

Примеры

Файл SFF, SRR013472.sff, используемый в этих примерах, не поставляется с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™. Образцы файлов SFF можно загрузить из:

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/

Прочтите весь файл SFF:

% Read the contents of an entire SFF file into an
% array of structures
reads = sffread('SRR013472.sff')

reads = 

3546x1 struct array with fields:
    Header
    Sequence
    Quality

Считывание блока записей из файла SFF:

% Read only the header and sequence information of the
% first five reads from an SFF file into an array of structures
reads5 = sffread('SRR013472.sff', 'block', [1 5], 'feature', 'hs')

reads5 = 

5x1 struct array with fields:
    Header
    Sequence

См. также

Внешние веб-сайты

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/

Представлен в R2009b

Документация