Расчет весов для филогенетического дерева
W = weights(Tree)
W = weights(Tree)Tree) с использованием метода Томпсона-Хиггинса-Гибсона. Расстояние каждого сегмента дерева корректируется делением его на количество содержащихся в нем листьев. Веса последовательностей являются результатом нормализации до единства новых патристических расстояний между каждым листом и корнем.
Создание ультраметрического дерева с заданными расстояниями ответвлений.
bd = [1 2 3]'; tr_1 = phytree([1 2;3 4;5 6],bd)
Просмотрите дерево.
view(tr_1)
Просмотрите вычисленные веса.
weights(tr_1)
ans =
1.0000
1.0000
0.8000
0.8000[1] Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (1994), «CLUSTAL W: Повышение чувствительности прогрессивного выравнивания множественных последовательностей посредством взвешивания последовательностей, точечных штрафов за разрыв и выбора матрицы веса», Nucleic Acids Research, 22 (22): 4673-4680.
[2] Henikoff S, Henikoff JG (1994), «Position-based sequence weights», Journal Molecular Biology, 243 (4): 574-578.