Exponenta Banner
exponenta event banner

seqlinkage

Построение филогенетического дерева из попарных расстояний

свернуть все на странице

Синтаксис

PhyloTree = seqlinkage(Distances)
PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method)
PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method, Names)

Аргументы

Distances

Матрица или вектор попарных расстояний, например, возвращаемых seqpdist функция.

Method

Символьный вектор или строка, задающая метод расстояния. Возможны следующие варианты:

  • 'single'

  • 'complete'

  • 'average' (по умолчанию)

  • 'weighted'

  • 'centroid'

  • 'median'

Names

Указывает альтернативные метки для конечных узлов. Возможны следующие варианты:

  • Вектор структур, каждая с Header или Name область

  • Массив ячеек символьных векторов или строковых векторов

Элементы должны быть уникальными. Количество элементов должно соответствовать количеству выборок, используемых для генерации попарных расстояний в Dist.

Описание

PhyloTree = seqlinkage(Distances) возвращает объект филогенетического дерева с попарных расстояний, Distances, между видами или продуктами. Distances является матрицей или вектором попарных расстояний, таких как возвращаемые seqpdist функция.

PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method) создает объект филогенетического дерева с помощью указанного патристического метода расстояния. Доступные методы:

'single'

Ближайшее расстояние (метод одиночной связи)

'complete'

Дальнее расстояние (полный метод соединения)

'average' (по умолчанию)

Невзвешенное среднее значение метода группы пар (UPGMA, групповое среднее).

'weighted'

Среднее значение метода группы взвешенных пар (WPGMA)

'centroid'

Центроид метода группы невзвешенных пар (UPGMC)

'median'

Взвешенный метод группы пар Centroid (WPGMC)

PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method, Names) передает список уникальных имен для маркировки листовых узлов (например, видов или продуктов) в объекте филогенетического дерева.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Создать массив структур, представляющих множественное выравнивание аминокислот: 

seqs = fastaread('pf00002.fa');

Измерьте попарные расстояния Джукса-Кантора между последовательностями: 

distances = seqpdist(seqs,'method','jukes-cantor','indels','pair');

Создайте филогенетическое дерево для выравнивания нескольких последовательностей на основе вычисленных попарных расстояний. Укажите метод вычисления расстояний между новыми узлами и всеми другими узлами. Укажите имена концов:

phylotree = seqlinkage(distances,'single',seqs)
    Phylogenetic tree object with 32 leaves (31 branches)

Просмотр филогенетического дерева: 

view(phylotree)

Figure Phylogenetic Tree 1 contains an axes. The axes contains 70 objects of type line.

Вопросы совместимости

развернуть все

В R2017b изменилось поведение

См. также

| | | | | |

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка