В этом примере показано, как имитировать превращение субстрата в продукт с использованием кинетики фермента Анри-Михаэлиса-Ментена.

Создание модели с именем mymodel.

model = sbiomodel('mymodel');

Добавьте реакцию, которая представляет собой превращение субстрата в продукт.

reaction = addreaction(model,'Substrate -> Product');

Добавьте к реакции встроенный кинетический закон Анри-Михаэлиса-Ментена.

kineticLaw = addkineticlaw(reaction,'Henri-Michaelis-Menten');
kineticLaw.Expression

ans = 
'Vm*S/(Km + S)'

Кинетический закон имеет два параметра и вид, который нужно определить. Просмотрите эти параметры.

kineticLaw.ParameterVariables

ans = 2x1 cell
    {'Vm'}
    {'Km'}

kineticLaw.SpeciesVariables

ans = 1x1 cell array
    {'S'}

Чтобы определить параметры, создайте два объекта параметров и задайте их значения.

Vm_param = addparameter(kineticLaw,'Vm_param','Value',6.0);
Km_param = addparameter(kineticLaw,'Km_param','Value',1.25);

Соответствующим образом сопоставьте параметры, установив ParameterVariableNames собственность. Это связывает параметры в выражении с двумя параметрами, только что созданными с помощью сопоставления «один к одному» в заданном порядке.

kineticLaw.ParameterVariableNames = {'Vm_param','Km_param'};

Также связать Substrate виды с видом S в выражении.

kineticLaw.SpeciesVariableNames = {'Substrate'};

Проверьте отображение, глядя на скорость реакции и проверяя параметры и виды правильно подставлены в соответствии с выражением.

reaction.ReactionRate

ans = 
'Vm_param*Substrate/(Km_param+Substrate)'

Введите начальное количество видов субстрата для моделирования.

model.Species(1).InitialAmount  = 8;

Моделирование модели и результатов печати.

simdata  = sbiosimulate(model);
sbioplot(simdata);