Подготовка объекта модели к ускоренному моделированию
sbioaccelerate( подготавливает объект модели для ускоренного моделирования, используя его активный набор конфигурации (configset), любые активные варианты и активные дозы. Модель SimBiology ® может содержать несколько конфигурационных элементов, при этом в любой момент времени активен только один. Активный конфигурационный набор содержит настройки, используемые при подготовке модели к ускорению.modelObj)
Для ускоренного моделирования используйте sbioaccelerate перед запуском sbiosimulate. Необходимо использовать одну и ту же модель и настроить для обеих функций.
Запущенный повторно sbioaccelerate, перед вызовом sbiosimulate, при изменении этой модели, например, при изменении реакций или добавлении событий. Однако есть и исключения. Дополнительные сведения см. в разделе При повторном запуске ускорения.
Примечание
При использовании SimFunction object при моделировании модель автоматически ускоряется при оценке первой функции. Следовательно, нет необходимости запускать sbioaccelerate заранее.
Предпосылки
Для подготовки моделей к ускоренному моделированию установите и настройте поддерживаемый компилятор. Дополнительные сведения см. в разделе Предварительные условия для ускорения моделирования и анализа.
sbioaccelerate( использует дозы или варианты, указанные modelObj,dvObj)dvObj и активный конфигурационный набор. dvObj может быть одним из следующих:
массив доз или вариантов
Если установить dvObj опустеть []функция использует активный конфигурационный набор, активные варианты и активные дозы.
При указании dvObj в качестве вариантов функция использует указанные варианты и активные дозы. Любые другие варианты игнорируются.
При указании dvObj в качестве доз функция использует указанные дозы и активные варианты. Любые другие дозы игнорируются.
В настоящее время конкретный объект дозы может быть ускорен только с помощью одной модели. Нельзя использовать один и тот же объект дозы для нескольких моделей, подлежащих ускорению. Необходимо создать новую копию дозы для каждой модели.
sbioaccelerate( использует объект configset modelObj,csObj,dvObj)csObj и дозы или варианты, указанные dvObj.
Если установить csObj кому [], то функция использует активный объект configset.
Если установить dvObj кому [], то функция не использует вариантов, но использует активные дозы.
Если установить dvObj для вариантов функция использует указанные варианты и активные дозы. Любые другие варианты игнорируются.
Если установить dvObj для доз функция использует указанные дозы и активные варианты. Любые другие дозы игнорируются.
sbioaccelerate( использует объект configset modelObj,csObj,variantObj,doseObj)csObj, объект variant или массив variant, указанный variantObj и объект дозы или массив доз, указанный doseObj. Любые другие конфигурационные элементы, дозы и варианты игнорируются.
Если установить csObj кому [], то функция использует активный объект configset.
Если установить variantObj кому [], то функция не использует вариантов.
Если установить doseObj кому [], тогда функция не использует дозы.
Загрузить проект SimBiology с именем lotka, который содержит модель m1.
sbioloadproject('lotka','m1')
Подготовка модели к ускоренному моделированию.
sbioaccelerate(m1);
Моделирование модели с использованием различных начальных количеств видов x.
x = sbioselect(m1,'type','species','name','x'); for i=1:5 x.initialAmount = i; sd(i) = sbiosimulate(m1); end
Постройте график результатов.
sbioplot(sd);
Загрузите образец проекта SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojДобавьте новый набор конфигурации, используя другое время остановки, равное 15 секундам.
csObj = addconfigset(m1,'newStopTimeConfigSet');
csObj.StopTime = 15;Подготовьте модель к ускоренному моделированию с помощью нового объекта configset.
sbioaccelerate(m1,csObj);
Моделирование модели с использованием одного и того же объекта configset.
sim = sbiosimulate(m1,csObj); sbioplot(sim);
Загрузите образец проекта SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojУвеличение количества видов x на 100 молекул через 2 и 4 секунды путем добавления стандартной дозы.
dObj1 = adddose(m1,'d1','schedule'); dObj1.Amount = 100; dObj1.AmountUnits = 'molecule'; dObj1.TimeUnits = 'second'; dObj1.Time = 2; dObj1.TargetName = 'unnamed.x'; dObj2 = adddose(m1,'d2','schedule'); dObj2.Amount = 100; dObj2.AmountUnits = 'molecule'; dObj2.TimeUnits = 'second'; dObj2.Time = 4; dObj2.TargetName = 'unnamed.x';
Подготовка модели для ускоренного моделирования с использованием массива обеих доз.
sbioaccelerate(m1,[dObj1,dObj2]);
Моделирование модели без использования дозы или какого-либо подмножества набора доз без необходимости повторного запуска sbioaccelerate.
sim1 = sbiosimulate(m1); sim2 = sbiosimulate(m1,dObj1); sim3 = sbiosimulate(m1,dObj2); sim4 = sbiosimulate(m1,[dObj1,dObj2]);
Постройте график результатов.
sbioplot(sim1);
sbioplot(sim2);
sbioplot(sim3);
sbioplot(sim4);
Загрузите образец проекта SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojПолучение набора конфигурации по умолчанию из модели.
defaultConfigSet = getconfigset(m1,'default');Увеличение количества видов x на 100 молекул через 2 секунды путем добавления стандартной дозы.
dObj = adddose(m1,'d1','schedule'); dObj.Amount = 100; dObj.AmountUnits = 'molecule'; dObj.TimeUnits = 'second'; dObj.Time = 2; dObj.TargetName = 'unnamed.x';
Подготовьте модель к ускоренному моделированию с использованием объекта configset по умолчанию и объекта с добавленной дозой.
sbioaccelerate(m1,defaultConfigSet,dObj);
Моделирование модели с использованием одних и тех же объектов configset и dose.
sim = sbiosimulate(m1,defaultConfigSet,dObj);
Постройте график результата.
sbioplot(sim);
Загрузите образец проекта SimBiology.
sbioloadproject radiodecay.sbprojДобавьте новый набор конфигурации, используя другое время остановки, равное 15 секундам.
csObj = m1.addconfigset('newStopTimeConfigSet');
csObj.StopTime = 15;Увеличение количества видов x на 100 молекул через 2 секунды путем добавления стандартной дозы.
dObj = adddose(m1,'d1','schedule'); dObj.Amount = 100; dObj.AmountUnits = 'molecule'; dObj.TimeUnits = 'second'; dObj.Time = 2; dObj.TargetName = 'unnamed.x';
Добавление варианта вида x с использованием другого начального количества 500 молекул.
vObj = addvariant(m1,'v1'); addcontent(vObj,{'species','x','InitialAmount',500});
Подготовка модели к ускоренному моделированию с использованием объектов configset, dose и variant. В этом случае третий аргумент sbioaccelerate должен быть объектом варианта.
sbioaccelerate(m1,csObj,vObj,dObj);
Моделирование модели с использованием тех же объектов configset, variant и dose.
sim = sbiosimulate(m1,csObj,vObj,dObj);
Постройте график результата.
sbioplot(sim);
