Для моделирования модели программное обеспечение SimBiology ® преобразует модель в систему дифференциальных уравнений. Затем он использует функцию решателя для вычисления решений для этих уравнений с различными временными интервалами, давая состояния и выходные данные модели в течение некоторого промежутка времени .
Доступные решатели:
Решатели ОДУ - к ним относятся детерминированные решатели Nonstiff и жесткие детерминированные решатели. Функции решателя реализуют методы численного интегрирования для решения задач начальных значений для обычных дифференциальных уравнений (ОДУ). Начиная с начального времени с начальных условий, они переходят через интервал времени, вычисляя решение на каждом временном шаге. Если решение для временного шага удовлетворяет критериям допуска ошибки решателя, это успешный шаг. В противном случае это неудачная попытка; решатель уменьшает размер шага и пытается повторить попытку. Дополнительные сведения см. в разделе Решатели ОДУ.
SUNDIALS Solvers - на фундаментальном уровне основные алгоритмы для решателей SUNDIALS аналогичны алгоритмам для некоторых решателей в пакете MATLAB ® ODE и работают, как описано выше в ODE Solvers. SimBiology всегда использует решатель SUNDIALS для выполнения анализа чувствительности модели, независимо от выбранного в качестве SolverType. Дополнительные сведения см. в разделе Решатели SUNDIALS.
Стохастические решатели - используются с моделями, содержащими небольшое количество молекул. Стохастические решатели включают алгоритм стохастического моделирования, явный алгоритм тау-скачка и неявный алгоритм тау-скачка. Дополнительные сведения см. в разделе Стохастические решатели.