Информация о интенсивности зонда Split Affymetrix SNP для аллелей A и B
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct)
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct,
'Controls', ControlsValue)
ProbeStruct | MATLAB® структура, содержащая информацию о интенсивности зонда от Affymetrix® Отображение массива ДНК, такого как возвращенное celintensityread. |
ControlsValue | Управляет включением контрольных зондов в ProbeStructSplit. Варианты true или false (по умолчанию). |
ProbeStructSplit | Структура MATLAB, содержащая информацию об интенсивности зондов из массива ДНК Affymetrix Mapping, разделена на информацию для аллелей A и B. |
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct)ProbeStruct, структуру, содержащую информацию о интенсивности зонда из массива ДНК Отображение, в ProbeStructSplitструктура, содержащая информацию о интенсивности зонда из массива ДНК Affymetrix Mapping, разделена на информацию для аллелей A и B.
ProbeStructSplit содержит следующие поля.
| Область | Описание |
|---|---|
CDFName | Имя файла библиотеки Affymetrix CDF. |
CELNames | Массив ячеек с именами файлов Affymetrix CEL. |
NumChips | Количество файлов CEL, считанных в структуру входа. |
NumProbeSets | Количество наборов зондов в каждом файле CEL. |
NumProbes | Максимальное количество зондов только для одного аллеля в каждом файле CEL. Примечание Если количество зондов для аллеля A не такое, как для аллеля B, используется большее количество. |
ProbeSetIDs | Массив ячеек набора идентификаторов зондов из файла библиотеки Affymetrix CDF. |
ProbeIndices | Вектор-столбец, содержащий информацию об индексации зонда для всего одного аллеля в каждом файле камеры. Зонды в наборе зондов нумеруются Примечание
|
PMAIntensities | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда идеального соответствия (PM) для аллеля A. Каждая строка соответствует зонду аллеля A, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строки упорядочены так же, как и в |
PMBIntensities | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда идеального соответствия (PM) для аллеля B. Каждая строка соответствует зонду аллеля B, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строки упорядочены так же, как и в |
MMAIntensities (необязательно) | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда несовпадения (ММ) для аллеля А. Каждая строка соответствует аллелю А, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строки упорядочены так же, как и в |
MMBIntensities (необязательно) | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда несовпадения (MM) для аллеля B. Каждая строка соответствует аллелю B-зонду, и каждый столбец соответствует файлу. Строки упорядочены так же, как и в |
ProbeStructSplit = affysnpintensitysplit(ProbeStruct,
'Controls', ControlsValue)true или false (по умолчанию).
Примечание
Контрольные зонды иногда содержат информацию только для одного аллеля. В этом случае значение для соответствующего аллеля (A или B), которое отсутствует, устанавливается на NaN.
В следующем примере предполагается, что ваша текущая папка указывает на расположение, содержащее Mapping50K_Hind240.CDF файл библиотеки и 18 файлов CEL, сопоставленных с этим файлом библиотеки CDF. Эти файлы связаны с массивом ДНК Отображение.
Используйте celintensityread функция для чтения Mapping50K_Hind240.CDF файл библиотеки и 18 связанных с ним файлов CEL в структуру MATLAB.
ps = celintensityread('*','Mapping50K_Hind240.CDF')
ps =
CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF'
CELNames: {18x1 cell}
NumChips: 18
NumProbeSets: 57299
NumProbes: 1145780
ProbeSetIDs: {57299x1 cell}
ProbeIndices: [1145780x1 uint8]
GroupNumbers: [1145780x1 uint8]
PMIntensities: [1145780x18 single]Извлеките интенсивность зонда PM для аллеля A и аллеля B в другую структуру MATLAB, не включая информацию об интенсивности для контрольных зондов.
ps_split = affysnpintensitysplit(ps)
ps_split =
CDFName: 'Mapping50K_Hind240.CDF'
CELNames: {18x1 cell}
NumChips: 18
NumProbeSets: 57275
NumProbes: 572750
ProbeSetIDs: {57275x1 cell}
ProbeIndices: [572750x1 uint8]
PMAIntensities: [572750x18 single]
PMBIntensities: [572750x18 single]