AffyStruct
|
Структура MATLAB, содержащая информацию из файла данных или библиотеки Affymetrix, для экспрессии, генотипирования (SNP) или типов анализа повторного эквенирования.
Следующие таблицы описывают поля в AffyStruct для различных типов файлов Affymetrix.
EXP, DAT, CEL, CHP, CLF, BGP, CDF и GIN Файлов | Область | Описание |
|---|
Name | Имя файла. | DataPath | Путь и папка файла. | LibPath | Путь и папка файлов библиотеки CDF и GIN, сопоставленных с файлом, который вы читаете. | FullPathName | Путь и папка файла. | ChipType | Имя массива Affymetrix GeneChip (для примера, DrosGenome1 или HG-Focus). | Date или CreateDate | Дата создания файла. |
Файл EXP | Область | Описание |
|---|
ChipLot
Operator
SampleType
SampleDesc
Project
Comments
Reagents
ReagentLot
Protocol
Station
Module
HybridizeDate
ScanPixelSize
ScanFilter
ScanDate
ScannerID
NumberOfScans
ScannerType
NumProtocolSteps
ProtocolSteps | Информация об экспериментальных условиях и протоколах, захваченных программным обеспечением Affymetrix. |
Файл DAT | Область | Описание |
|---|
NumPixelsPerRow | Количество пикселей в строке изображения, созданного из массива GeneChip (количество столбцов). | NumRows | Количество строк в изображении, созданном из массива GeneChip. | MinData | Минимальное значение интенсивности в изображении, созданном из массива GeneChip. | MaxData | Максимальное значение интенсивности в изображении, созданном из массива GeneChip. | PixelSize | Размер одного пикселя в изображении, созданном из массива GeneChip. | CellMargin | Размер погрешностей между камерами в изображении, созданном из массива GeneChip. | ScanSpeed | Скорость сканера, используемого для создания изображения. | ScanDate | Дата выполнения скана. | ScannerID | Имя используемого сканирующего устройства. | UpperLeftX
UpperLeftY
UpperRightX
UpperRightY
LowerLeftX
LowerLeftY
LowerRightX
LowerRightY | Пиксельные координаты отсканированного изображения. | ServerName | Не используется. | Image | A NumRows-by- NumPixelsPerRow изображение сканированного массива GeneChip. |
Файл CEL | Область | Описание |
|---|
FileVersion | Версия формата файла CEL. | Algorithm | Алгоритм, используемый в шаге обработки изображений, который преобразует из формата DAT в формат CEL. | AlgParams | Вектор символов, содержащий параметры, используемые алгоритмом на шаге обработки изображений. | NumAlgParams | Количество параметров в AlgParams. | CellMargin | Размер погрешностей между камерами в изображении, созданном из массива GeneChip, используемого для вычисления значений интенсивности камер. | Rows | Количество строк зондов. | Cols | Количество столбцов зондов. | NumMasked | Количество маскированных зондов, которые не используются в последующей обработке. | NumOutliers | Количество камер, идентифицированных как выбросы (чрезвычайно высокая или чрезвычайно низкая интенсивность) на этапе обработки изображений. | NumProbes | Количество зондов (Rows * Cols) в массиве GeneChip. | UpperLeftX
UpperLeftY
UpperRightX
UpperRightY
LowerLeftX
LowerLeftY
LowerRightX
LowerRightY | Пиксельные координаты отсканированного изображения. | ProbeColumnNames | Массив ячеек, содержащий восемь имен столбцов в Probes поле:
PosX - x-координата камеры
PosY - y-координата камеры
Intensity - Значение интенсивности камеры
StdDev - Стандартное отклонение значения интенсивности
Pixels - Количество пикселей в камере
Outlier - флаг True/false, указывающий, была ли ячейка помечена как выбросы
Masked - Флаг true/false, указывающий, была ли ячейка маскирована
ProbeType - Целое число, указывающее тип зонда (например 1 = выражение)
| Probes | NumProbes-by-8 массив информации об отдельных зондах, включая значения интенсивности. The ProbeColumnNames поле содержит имена столбцов этого массива. |
ТЭЦ Файла | Область | Описание |
|---|
AssayType | Тип анализа, связанный с массивом GeneChip (для примера, экспрессии, генотипирования или ресеквенирования). | CellFile | Имя файла CEL, из которого был создан файл CHP. | Algorithm | Алгоритм для преобразования из формата CEL в формат CHP. | AlgVersion | Версия алгоритма, используемая для создания файла CHP. | NumAlgParams | Количество параметров в AlgParams. | AlgParams | Вектор символов, содержащий параметры, используемые в шагах, необходимых для создания файла CHP (для примера, коррекции фона). | NumChipSummary | Количество записей в ChipSummary. | ChipSummary | Сводная информация для массива GeneChip, включая фоновое среднее значение, стандартное отклонение, макс и мин. | BackgroundZones | Структура, содержащая информацию о зонах, используемых на шаге корректировки фона. | Rows | Количество строк зондов. | Cols | Количество столбцов зондов. | NumProbeSets | Количество наборов зондов в массиве GeneChip. | NumQCProbeSets | Количество наборов зондов контроля качества в массиве GeneChip. | ProbeSets
(Массив экспрессии GeneChip) | NumProbeSets-by-1 массива структур, содержащий информацию для каждого набора экспрессионных зондов, включая следующие поля:
Name - Имя комплекта зондов.
ProbeSetType - Тип набора зондов.
CompDataExists - флаг True/false, указывающий, имеет ли набор зондов дополнительную вычисленную информацию.
NumPairs - Количество пар зондов в наборе зондов.
NumPairsUsed - Количество пар зондов в наборе зондов, используемом для вычисления сигнала набора зондов (не маскирован).
Signal - Суммарное значение интенсивности для набора зондов.
Detection - Индикатор статистически значимого различия между значением интенсивности зондов PM и значением интенсивности зондов MM в одном наборе зондов (Present, Absent, или Marginal).
DetectionPValue - P-значение для Detection индикатор.
CommonPairs - Когда CompDataExists является true, содержит количество общих пар между экспериментом и базовой линией после удаления выбросов и маскированных зондов.
SignalLogRatio - Когда CompDataExists является true, содержит изменение сигнала между экспериментом и базовой линией.
SignalLogRatioLow - Когда CompDataExists является true, содержит самые низкие отношения зондов между экспериментом и базовым уровнем.
SignalLogRatioHigh - Когда CompDataExists является true, содержит самые высокие отношения зондов между экспериментом и базовым уровнем.
Change - Когда CompDataExists является true, описывает, как зонд изменяется по сравнению с базовым экспериментом. Варианты Increase, Marginal Increase, No Change, Decrease, или Marginal Decrease.
ChangePValue - Когда CompDataExists является true, содержит p-значение, сопоставленное с Change.
| ProbeSets
(Генотипирование массива GeneChip) | NumProbeSets-by-1 массива структур, содержащий информацию для каждого набора зондов генотипирования, включая следующие поля:
Name - Имя комплекта зондов.
AlleleCall - Аллель, который присутствует для набора зондов. Возможности AA (гомозиготный для основного аллеля), AB (гетерозиготный для основного и незначительного аллеля), BB (гомозиготный для незначительного аллеля), или NoCall (не может определить аллель).
Confidence - Измерение точности вызова аллеля.
RAS1 - Относительный сигнал Аллеля 1 для сайта SNP, который вычисляется с помощью датчиков.
RAS2- Относительный сигнал аллеля 2 для участка SNP, который вычисляется с помощью антисмысловых зондов.
PValueAA - p-значение для AA вызов.
PValueAB - p-значение для AB вызов.
PValueBB - p-значение для BB вызов.
PValueNoCall - p-значение для NoCall вызов.
| ProbeSets
(Переупорядочение массива GeneChip) | NumProbeSets-by-1 массив структур, содержащий информацию для каждого набора зондов пересеквенирования, включая следующие поля:
CalledBases - 1-by- NumProbeSets вектор символов, содержащий основы, вызываемые алгоритмом пересеквенирования. Возможные значения a, c, g, t, и n.
Scores - 1-by- NumProbeSets массив, содержащий счет, сопоставленный с каждым базовым вызовом.
|
Файл CLF | Область | Описание |
|---|
LibSetName |
Имя набора связанных библиотечных файлов для данного чипа. Есть только один LibSetName для файла CLF. Для примера PGF и CLF файлов предназначенные для совместного использования, должны иметь одинаковые LibSetName. | LibSetVersion | Версия набора связанных библиотечных файлов для данного чипа. Есть только один LibSetVersion для файла CLF. Для примера PGF и CLF файлов предназначенные для совместного использования, должны иметь одинаковые LibSetVersion. | GUID | Уникальный идентификатор файла CLF. | CLFFormatVersion | Версия формата файла CLF. | Rows | Количество строк в файле CEL. Примечание Файл CLF является базовым 1, что означает, что первая строка и столбец обозначаются как 1,1, а не как 0,0. | Cols | Количество столбцов в файле CEL. Примечание Файл CLF является базовым 1, что означает, что первая строка и столбец обозначаются как 1,1, а не как 0,0. | StartID | Начальный номер для нумерации элементов в файле CLF. Совет Эта информация полезна, когда нумерация не начинается с 1. | EndID | Конечный номер для нумерации элементов в файле CLF. Совет Эта информация полезна, когда нумерация не начинается с 1 и/или есть погрешности в нумерации. | Order | Порядок, в котором идентификаторы зондов пронумерованы в файле CEL, либо 'row_major' или 'col_major'. | DataColNames | Имена столбцов файла CEL, содержащих данные. | Data | Если нумерация элементов в файле CLF является последовательной, это поле содержит указатель на функцию, который вычисляет координаты x и y каждого элемента в файле из идентификатора зонда. Если нумерация элементов в файле CLF не является последовательной, это поле содержит матрицу, указывающую значение числа каждого элемента в файле. |
Файл BGP | Область | Описание |
|---|
LibSetName | Имя набора связанных библиотечных файлов для данного чипа. Есть только один LibSetName для файла BGP. | LibSetVersion | Версия набора связанных библиотечных файлов для данного чипа. Есть только один LibSetVersion для файла BGP. | GUID | Уникальный идентификатор для файла BGP. | ExecGUID | Информация об алгоритме, используемом для генерации файла BGP. | ExecVersion | Cmd | Data | Структура, содержащая следующие поля:
probe_id - идентификатор зонда, используемого для коррекции фона.
probeset_id - идентификатор набора зондов в файле PGF, к которому принадлежит зонд.
type - Классификационная информация для зонда.
gc_count - Совокупное число основ G и C в зонде.
probe_length- Длина зонда в парах оснований.
interrogation_position - Положение допроса зонда. Обычно это 13 для 25-мерных зондов PM/MM.
probe_sequence - Последовательность зонда на массиве, идущая в направлении от поверхности массива к решению. Для большинства стандартных массивов Affymetrix это направление от 3 'до 5'. Для примера, для чувствительного целевого (st) зонда (см. probe_type ), дополните последовательность в этом поле, прежде чем искать совпадения с последовательностями транскрипции. Для антисмысловой цели (в) измените эту последовательность на противоположную.
atom_id - идентификатор атома, которому принадлежит зонд.
x - Координата столбца зонда в файле CEL.
y - Координата строки зонда в файле CEL.
probeset_type - Классификационная информация для набора зондов, таких как управление, аффкс или спайк. Эта информация о типах может включать несколько классификаций и также может быть вложенной.
probe_type - Классификационная информация для зонда, такая как pm (идеальное соответствие), мм (несоответствие), st (смысловая цель) или в (антисмысловая цель). Эта информация о типах может включать несколько классификаций и также может быть вложенной.
|
CDF-файл | Область | Описание |
|---|
Rows | Количество строк зондов. | Cols | Количество столбцов зондов. | NumProbeSets | Количество наборов зондов в массиве GeneChip. | NumQCProbeSets | Количество наборов зондов контроля качества в массиве GeneChip. | ProbeSetColumnNames | Массив ячеек, содержащий шесть имен столбцов в ProbePairs поле в ProbeSets массив:
GroupNumber - Номер, идентифицирующий группу, к которой принадлежит пара зондов. Для массивов выражений это значение всегда 1. Для массивов генотипирования это значение обычно 1 (аллель A, смысл), 2 (аллель B, sense), 3 (аллель A, антисмысловый) или 4 (аллель B, антисмысловый).
Direction - Номер, идентифицирующий направление пары зондов. 1 = смысл и 2 = антисмысловый.
PMPosX - x-координата идеального совпадающего зонда.
PMPosY - y-координата идеального совпадающего зонда.
MMPosX - x-координата зонда несоответствия.
MMPosY - y-координата зонда несоответствия.
| ProbeSets | NumProbeSets-by-1 массив структур, содержащий информацию для каждого набора зондов, включая следующие поля:
Name - Имя комплекта зондов.
ProbeSetType - Тип набора зондов.
CompDataExists - флаг True/false, указывающий, имеет ли набор зондов дополнительную вычисленную информацию.
NumPairs - Количество пар зондов в наборе зондов.
NumQCProbes - Количество зондов контроля качества в наборе зондов.
QCType - Тип зондов контроля качества.
GroupNames - имя группы, к которой принадлежит набор зондов. Для массивов выражений это поле содержит имя набора зондов. Для массивов генотипирования это поле содержит имя аллелей, например {'A' 'C' 'A' 'C'}'.
ProbePairs — NumPairs-by-6 массив информации о парах зондов. Имена столбцов этого массива содержатся в ProbeSetColumnNames поле.
|
Файл GIN | Область | Описание |
|---|
Version | Версия файла. | ProbeSetName | Идентификатор/имя набора зондов. | ID | Идентификатор набора зондов (идентификатор гена). | Description | Описание набора зондов. | SourceNames | Источник или источники наборов зондов. | SourceURL | Исходный URL-адрес или URL-адрес для наборов зондов. | SourceID | Вектор чисел, определяющий какие SourceNames или SourceURL каждый набор зондов связан с. |
|
