Считайте интенсивность зонда из файлов Affymetrix CEL
ProbeStructure = celintensityread(CELFiles,
CDFFile)
ProbeStructure =
celintensityread(..., 'CELPath', CELPathValue,
...)
ProbeStructure = celintensityread(...,
'CDFPath', CDFPathValue, ...)
ProbeStructure = celintensityread(...,
'PMOnly', PMOnlyValue, ...)
ProbeStructure =
celintensityread(..., 'Verbose', VerboseValue,
...)
CELFiles | Любое из следующих:
|
CDFFile | Одно из следующих:
|
CELPathValue | Вектор символов или строка, указывающая путь и папку, где файлы, указанные в CELFiles хранятся. |
CDFPathValue | Вектор символов или строка, указывающая путь и папку, в которой находится файл, указанный в CDFFile сохранен. |
PMOnlyValue | Свойство, чтобы включить или исключить значения интенсивности зонда несовпадения (MM) в возвращаемой структуре. Введите true для возврата только интенсивности зонда идеального соответствия (PM). Введите false для возврата интенсивности зонда PM и MM. По умолчанию это true. |
VerboseValue | Управляет отображением отчета о прогрессе, показывающего имя каждого файла CEL во время чтения. Когда VerboseValue является falseотчет о прогрессе не отображается. По умолчанию это true. |
ProbeStructure | MATLAB® структура, содержащая информацию из файлов CEL, включая интенсивность зондирования, индексы зондов и идентификаторы набора зондов. |
ProbeStructure = celintensityread(CELFiles,
CDFFile)ProbeStructure, структуру, содержащую информацию из файлов CEL, включая интенсивность зондирования, индексы зондов и идентификаторы набора зондов. CELFiles - вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек векторов символов, содержащий имена файлов CEL. CDFFile - вектор символов или строка, задающая имя CDF-файла.
Если вы задаете CELFiles на '*'затем считываются все файлы CEL в текущей папке. Если вы задаете CELFiles на ' ', затем откроется диалоговое окно Выбор файлов CEL, из которого вы выбираете файлы CEL. В этом диалоговом окне можно нажать и удерживать Ctrl или Shift при щелчке мыши, чтобы выбрать несколько файлов CEL.
Если вы задаете CDFFile на ' 'затем открывается диалоговое окно «Выбор CDF-файла», из которого вы выбираете CDF-файл.
ProbeStructure = celintensityread (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)celintensityread с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
задает путь и папку, в которой заданы файлы ProbeStructure =
celintensityread(..., 'CELPath', CELPathValue,
...)CELFiles хранятся.
ProbeStructure = celintensityread(...,
'CDFPath', CDFPathValue, ...)CDFFile сохранен.
ProbeStructure = celintensityread(...,
'PMOnly', PMOnlyValue, ...)PMOnlyValue является true, celintensityread возвращает только интенсивность зонда идеального соответствия (PM). Когда PMOnlyValue является false, celintensityread возвращает интенсивность зонда PM и MM. По умолчанию это true.
Совет
Чтение большого количества файлов CEL и/или большого файла CEL может потребовать увеличения объема памяти от операционной системы.
Если вы получаете ошибки, связанные с памятью, попробуйте следующее:
Увеличьте виртуальную память (пространство подкачки) для операционной системы, как описано в разделе Разрешение ошибок «Нехватка памяти».
Если вы получаете ошибки, связанные с Java® Пространство кучки, увеличения Java пространство кучки:
Если у вас есть MATLAB версии 7.10 (R2010a) или более поздней, смотрите Java Heap Настройки.
Если у вас есть MATLAB версии 7.9 (R2009b) или более ранней, см. https://www.mathworks.com/support/solutions/en/data/1-18I2C/.
ProbeStructure содержит следующие поля.
| Область | Описание |
|---|---|
CDFName | Имя файла библиотеки Affymetrix CDF. |
CELNames | Массив ячеек с именами файлов Affymetrix CEL. |
NumChips | Количество файлов CEL, считанных в структуру. |
NumProbeSets | Количество наборов зондов в каждом файле CEL. |
NumProbes | Количество зондов в каждом файле CEL. |
ProbeSetIDs | Массив ячеек набора идентификаторов зондов из файла библиотеки Affymetrix CDF. |
ProbeIndices | Вектор-столбец, содержащая информацию индексации зонда. Зонды в наборе зондов нумеруются |
GroupNumbers | Вектор-столбец, содержащая номера групп для зондов в наборе зондов. Для данных экспрессии генов номер группы для всех зондов
|
PMIntensities | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда идеального соответствия (PM). Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строки упорядочены так же, как и в |
MMIntensities (необязательно) | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда несовпадения (MM). Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует файлу CEL. Строки упорядочены так же, как и в |
ProbeStructure =
celintensityread(..., 'Verbose', VerboseValue,
...)VerboseValue является falseотчет о прогрессе не отображается. По умолчанию это true.
Следующий пример предполагает, что у вас есть HG_U95Av2.CDF файл библиотеки, хранящийся в D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome, и что ваша текущая папка указывает на расположение, содержащее файлы CEL, сопоставленные с этим файлом библиотеки CDF. В этом примере, celintensityread функция считывает все файлы CEL в текущей папке и CDF-файл в указанной папке. В следующей командной строке используется rmabackadj функция для выполнения фоновой настройки интенсивности зонда PM в PMIntensities область PMProbeStructure.
PMProbeStructure = celintensityread('*', 'HG_U95Av2.CDF',...
'CDFPath', 'D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome');
BackAdjustedMatrix = rmabackadj(PMProbeStructure.PMIntensities);
affygcrma | affyinvarsetnorm | affyprobeseqread | affyread | affyrma | affysnpintensitysplit | agferead | gcrma | gcrmabackadj | gprread | ilmnbsread | probelibraryinfo | probesetlink | probesetlookup | probesetplot | probesetvalues | rmabackadj | rmasummary | sptread