setFlag

Класс: BioMap

Установите флаги последовательности чтения для BioMap объект

развернуть все на странице

Синтаксис

NewObj = setFlag(BioObj, FlagValues)
NewObj = setFlag(BioObj, FlagValues, Subset)

Описание

NewObj = setFlag(BioObj, FlagValues) возвращает NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с Flag значение свойства установлено в FlagValuesвектор неотрицательных целых чисел, указывающий битовую информацию, которая задает состояние каждого из 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM.

NewObj = setFlag(BioObj, FlagValues, Subset) устанавливает Flag свойство элементов, заданное как Subset на FlagValues.

Входные параметры

расширить все

Объект класса BioMap, заданный как BioMap объект

Примечание

Если BioObj был построен из BioIndexedFile объект, вы не можете задать его Flag свойство.

Значения флага SAM, заданные как вектор неотрицательных целых чисел. Каждое целое число соответствует одной последовательности считывания и указывает битовую информацию, которая задает состояние каждого из 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Эти флаги описывают различные аспекты секвенирования и выравнивания последовательности чтения.

Подмножество элементов в BioObj, указанный как одно из следующего:

  • вектор положительных целых чисел

  • логический вектор

  • массив ячеек из векторов символов, содержащий допустимые заголовки последовательностей

Примечание

Отношение «один к одному» должно существовать между количеством и порядком элементов в FlagValues и Subset. Если для задания используется массив ячеек с заголовками Subsetследует иметь в виду, что повторяющийся заголовок задает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

расширить все

Объект класса BioMap, возвращенный как BioMap объект.

Примеры

расширить все

Открыть Live Script

Создайте объект BioMap из файла SAM. Задайте 'InMemory' в true, чтобы разрешить изменение свойств объекта.

bm = BioMap('ex2.sam','InMemory',true);

Проверьте значение флага SAM пятой последовательности чтения.

bm.Flag(5)
ans = uint16
    137

Обновите значение флага.

bm2 = setFlag(bm,75,5);
bm2.Flag(5)
ans = uint16
    75

Обновите значения флага первого и третьего элементов.

bm3 = setFlag(bm,[0 0],[1 3]);
bm3.Flag(1)
ans = uint16
    0

bm3.Flag(3)
ans = uint16
    0

Альтернативы

Альтернатива использованию setFlag метод для обновления существующего объекта - использовать индексацию точек с Flag свойство:

BioObj.Flag(Indices) = NewFlag

В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек из векторов символов, содержащих заголовки последовательностей. NewFlag является вектором неотрицательных целых чисел, указывающих битовую информацию, которая задает состояние каждого из 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Каждое целое число соответствует одной последовательности чтения в a BioMap объект. Indices и NewFlag должны иметь одинаковое количество и порядок элементов.

См. также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте