Класс: BioMap
Извлечение флагов последовательности чтения из BioMap объект
Flag = getFlag(BioObj)
Flag = getFlag(BioObj, Subset)
Flag = getFlag(BioObj)Flagвектор неотрицательных целых чисел, указывающий битовую информацию, которая задает состояние 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Каждое целое число соответствует одной последовательности считывания из a BioMap объект.
Flag = getFlag(BioObj, Subset)Subset.
|
Объект |
|
Одно из следующих для задания подмножества элементов в
Примечание Если для задания используется массив ячеек с заголовками |
|
Вектор неотрицательных целых чисел. Каждое целое число соответствует одной последовательности считывания и указывает битовую информацию, которая определяет состояние 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Эти флаги описывают различные аспекты секвенирования и выравнивания последовательности чтения. |
Создайте a BioMap и затем извлеките значения флага SAM для различных элементов объекта:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Retrieve integer specifying bit-wise information for 11
% SAM flags of the second element
flagValue = getFlag(BMObj1, 2)flagValue =
73% Retrieve integers specifying bit-wise information for 11 % SAM flags of the first and third elements flagValues = getFlag(BMObj1, [1 3])
flagValues =
73
137% Retrieve integers specifying bit-wise information for 11 % SAM flags of all elements allFlagValues = getFlag(BMObj1);
% Determine the status of the fourth flag (mate is unmapped) % for the second element, which has a flag value of 73 bitget(73, 4)
ans =
1После использования getFlag метод, чтобы вернуть целое число, указывающее битовую информацию для флагов SAM, используйте bitget функция для определения статуса определенного флага SAM. Для получения дополнительной информации см. Примеры.
Альтернатива использованию getFlag метод состоит в том, чтобы использовать индексацию через точку с Flag свойство:
BioObj.Flag(Indices)
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек из векторов символов или строковым вектором, содержащим заголовки последовательностей.