Класс: BioMap
Установите счета качества сопоставления последовательностей для BioMap объект
NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality)
NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality, Subset)
NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality)NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с MappingQuality значение свойства установлено в MappingQualityвектор из целых чисел, задающий счета качества отображения для считанных последовательностей.
NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality, Subset)NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с MappingQuality свойство подмножества элементов, установленное в MappingQualityвектор из целых чисел, задающий счета качества отображения для считанных последовательностей. Он устанавливает счета качества отображения только для элементов объекта, заданных Subset.
|
Объект Примечание Если |
|
Вектор целых чисел, задающий счета качества отображения для последовательностей чтения. |
|
Одно из следующих для задания подмножества элементов в
Примечание Отношение «один к одному» должно существовать между количеством и порядком элементов в |
|
Объект |
Создайте a BioMap Объект, а затем установите подмножество счетов качества отображения:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Mapping Quality property of the second element to a new
% value
BMObj1 = setMappingQuality(BMObj1, 74, 2);Как обновить счета качества отображения в существующем BioMap объект, используйте тот же объект, что и вход BioObj и выходные NewObj.
Альтернатива использованию setMappingQuality метод для обновления существующего объекта - использовать индексацию точек с MappingQuality свойство:
BioObj.MappingQuality(Indices) = NewMappingQuality
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек из векторов символов, содержащих заголовки последовательностей. NewMappingQuality - вектор из целых чисел, задающий счета качества отображения для считанных последовательностей. Indices и NewQuality должны иметь одинаковое количество и порядок элементов.