Класс: BioMap
Установите совмещенные положения считанных последовательностей в BioMap объект
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos)
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos,Subset)
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos)NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с MatePosition значение свойства установлено в MatePosвектор неотрицательных целых чисел, задающих совмещенные положения считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности.
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos,Subset)NewObj, новый BioMap объект, созданный из BioObj, существующий BioMap объект, с MatePosition свойство подмножества элементов, установленное в MatePosвектор неотрицательных целых чисел, задающих совмещенные положения считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. setMatePosition метод устанавливает совмещенные положения только для элементов объекта, заданных Subset.
|
Объект Примечание Если |
|
Вектор неотрицательных целых чисел, задающий совмещенные положения считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. |
|
Одно из следующих для задания подмножества элементов в
Примечание Отношение «один к одному» должно существовать между количеством и порядком элементов в |
|
Объект |
Создайте a BioMap объект, а затем установите подмножество значений положения совмещения последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file and determine the header for the second element
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
BMObj1.Header(2)ans =
'EAS54_65:7:152:368:113'% Set the MatePosition property of the second element to a new value of 5
BMObj1 = setMatePosition(BMObj1, 5, {'EAS54_65:7:152:368:113'});% Set the MatePosition properties of the first and third elements in % the object to 6 and 7 respectively BMObj1 = setMatePosition(BMObj1, [6 7], [1 3]);
% Set the MatePosition property of all elements in the object to zero y = zeros(1,BMObj1.NSeqs); BMObj1 = setMatePosition(BMObj1,y);
Альтернатива использованию setMatePosition метод для обновления существующего объекта - использовать индексацию точек с MatePosition свойство:
BioObj.MatePosition(Indices) = NewMatePos
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек из векторов символов, содержащих заголовки последовательностей. NewMatePos является вектором целых чисел, задающих совмещенные положения считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. Indices и NewMatePos должны иметь одинаковое количество и порядок элементов.