Exponenta Banner

getMatePosition

Класс: BioMap

Извлеките совмещенные положения считанных последовательностей из BioMap объект

Синтаксис

MatePos = getMatePosition(BioObj)
MatePos = getMatePosition(BioObj,Subset)

Описание

MatePos = getMatePosition(BioObj) возвращает MatePosвектор неотрицательных целых чисел, задающий сопряженные положения считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности из BioMap объект.

MatePos = getMatePosition(BioObj,Subset) возвращает mate positions только для считанных последовательностей, заданных Subset.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Subset

Одно из следующих для задания подмножества элементов в BioObj:

  • Вектор положительных целых чисел

  • Логический вектор

  • Массив ячеек из символьных векторов или строкового вектора, содержащий допустимые заголовки последовательностей

Примечание

Если для задания используется массив ячеек с заголовками Subsetследует иметь в виду, что повторяющийся заголовок задает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

MatePos

MatePosition свойство всех или подмножество элементов в BioObj. MatePos является вектором неотрицательных целых чисел, задающих совмещенные положения считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. MatePos включает положения совмещения только для считанных последовательностей, заданных Subset.

Не все значения в MatePosition вектор представляет допустимые положения совмещения, например, пары, которые сопоставлены с другой ссылочной последовательностью, или пары, которые не сопоставлены. Чтобы определить, является ли положение совмещения допустимым, используйте filterByFlag метод с 'pairedInMap' флаг.

Примеры

Создайте a BioMap и затем извлеките положение совмещения для различных последовательностей в объекте:

% Construct a BioMap object from a SAM file and determine the header for the 17th element
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
BMObj1.Header(17)

ans = 

    'EAS114_32:5:78:583:499'

% Retrieve the MatePosition property of the 17th element in the object using the header
MatePos_17 = getMatePosition(BMObj1,{'EAS114_32:5:78:583:499'})
MatePos_17 =

         229
          37

Заметьте, что в предыдущем примере были возвращены две позиции совмещения. Это связано с тем, что заголовок EAS114_32:5:78:583:499 - повторный заголовок в BMObj1 объект. getMatePosition метод возвращает совмещенные позиции для всех элементов объекта с этим заголовком.

% Retrieve the MatePosition properties of the 37th and 47th elements in
% the object
MatePos_37_47 = getMatePosition(BMObj1, [37 47])
MatePos_37_47 =

          95
         283
% Retrieve the MatePosition properties of all elements in the object
MatePos_All = getMatePosition(BMObj1);

Альтернативы

Альтернатива использованию getMatePosition метод состоит в том, чтобы использовать индексацию через точку с MatePosition свойство:

BioObj.MatePosition(Indices)

В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек из векторов символов или строковым вектором, содержащим заголовки последовательностей.

См. также

| |

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка