setReference

Класс: BioMap

Установите имя ссылочной последовательности для BioMap объект

развернуть все на странице

Синтаксис

newObj = setReference(Obj,RefSeqName)
newObj = setReference(Obj,RefSeqName,Indices)

Описание

newObj = setReference(Obj,RefSeqName) возвращает новое BioMap newObj объекта, созданный из существующего объекта Obj, с Reference значение свойства установлено в RefSeqName, вектор символов или строка, задающая имя ссылочной последовательности.

newObj = setReference(Obj,RefSeqName,Indices) устанавливает Reference свойство элементов, индексируемых Indices на RefSeqName.

Входные параметры

расширить все

Объект класса BioMap, заданный как BioMap объект.

Имя ссылочной последовательности, заданное как вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов.

Индексы к элементам входного объекта, заданные как положительное целое число, вектор положительных целых чисел, логический массив, вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек векторов символов. Для векторов символов или строк они должны соответствовать допустимому Header значения входного объекта Obj.

Выходные аргументы

расширить все

Объект класса BioMap, возвращенный как BioMap объект.

Примеры

расширить все

Открыть Live Script

Создайте объект BioMap из файла SAM. Задайте 'InMemory' в true, чтобы разрешить изменение свойств объекта.

bm = BioMap('ex2.sam','InMemory',true);

Проверьте ссылочную последовательность 5-й последовательности чтения.

bm.Reference(5)
ans = 1x1 cell array
    {'seq1'}

Смените ссылочную последовательность на другую в словаре последовательности.

bm2 = setReference(bm,{'seq2'},5);
bm2.Reference(5)
ans = 1x1 cell array
    {'seq2'}

См. также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте