getQuality

Извлечение информации о качестве последовательности из объекта

Свернуть все на странице

Синтаксис

quality = getQuality(object)
subsetQuality = getQuality(object,subset)

Описание

пример

quality = getQuality(object) возвращает последовательность quality информация от BioRead или BioMap объект.

пример

subsetQuality = getQuality(object,subset) возвращает информацию о качестве последовательности subsetQuality только для элементов объекта, заданных в subset.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Сохраните считанные данные из файла в формате SAM в объекте BioRead. 

br = BioRead('ex1.sam')
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Получите информацию о качестве последовательности.

seqQuals = getQuality(br);

Извлеките информацию о качестве последовательности из первого и третьего элементов объекта.

seqQuals2 = getQuality(br,[1 3])
seqQuals2 = 2x1 cell
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}
    {'<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5' }

Используйте логический вектор, чтобы получить ту же информацию.

seqQuals3 = getQuality(br,[true false true])
seqQuals3 = 2x1 cell
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}
    {'<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5' }

Вы можете использовать заголовок, чтобы получить качество соответствующей последовательности с этим заголовком. Если несколько последовательностей имеют один и тот же заголовок, функция возвращает информацию о качестве всех этих последовательностей.

Получите информацию о качестве последовательностей с B7_591:4:96:693:509 заголовка.

seqQuals4 = getQuality(br,{'B7_591:4:96:693:509'})
seqQuals4 = 1x1 cell array
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}

Доступ к каждому свойству объекта с помощью записи через точку.

seqQuals = br.Quality;
seqQuals2   = br.Quality([1 3])
seqQuals2 = 2x1 cell
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}
    {'<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5' }

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, заданный как BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Подмножество элементов объекта, заданное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек из заголовков) для subset, повторный заголовок задает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Информация о качестве последовательности, возвращенная как массив ячеек из векторов символов. Каждый символ является кодированным ASCII значением журнала вероятности неправильной основы.

Информация о качестве последовательности для подмножества элементов из объекта, возвращенная как массив ячеек из векторов символов.

См. также

|

Темы

Введенный в R2010a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте