getSequence

Извлечение последовательностей из объекта

Свернуть все на странице

Синтаксис

seqs = getSequence(object)
subsetSeqs = getSequence(object,subset)

Описание

пример

seqs = getSequence(object) возвращает нуклеотидные последовательности из BioRead или BioMap объект.

пример

subsetSeqs = getSequence(object,subset) возвращает последовательности subsetSeqs только для элементов объекта, заданных в subset.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Сохраните считанные данные из файла в формате SAM в объекте BioRead. 

br = BioRead('ex1.sam')
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Извлеките последовательности (reads) из объекта.

seqs = getSequence(br);

Извлеките последовательности из первого и третьего элементов объекта.

seqs2 = getSequence(br,[1 3])
seqs2 = 2x1 cell
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }

Используйте логический вектор, чтобы получить ту же информацию.

seqs3 = getSequence(br,[true false true])
seqs3 = 2x1 cell
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }

Для получения соответствующих последовательностей с этим заголовком можно использовать заголовок. Если несколько последовательностей имеют один и тот же заголовок, функция возвращает все эти последовательности.

Получите последовательности с B7_591:4:96:693:509 заголовка.

seqs4 = getSequence(br,{'B7_591:4:96:693:509'})
seqs4 = 1x1 cell array
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}

Доступ к каждому свойству объекта с помощью записи через точку.

seqs = br.Sequence;
seq2   = br.Sequence([1 3])
seq2 = 2x1 cell
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, заданный как BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Подмножество элементов объекта, заданное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек из заголовков) для subset, повторный заголовок задает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Нуклеотидные последовательности от объекта, возвращенные как массив ячеек из векторов символов.

Нуклеотидные последовательности из подмножества элементов от объекта, возвращенные как массив ячеек из векторов символов.

См. также

|

Темы

Введенный в R2010a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте