getSubsequence

Извлечение частичных последовательностей из объекта

Свернуть все на странице

Синтаксис

subSeqs = getSubsequence(object,subset,positions)

Описание

пример

subSeqs = getSubsequence(object,subset,positions) возвращает частичные последовательности subSeqs для положений последовательности, заданных positions из только элементов объекта, заданных subset.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Сохраните считанные данные из файла в формате SAM в объекте BioRead. 

br = BioRead('ex1.sam')
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Извлеките последовательности (reads) из объекта.

seqs = getSequence(br);

Извлеките первую, третью и пятую последовательности из объекта.

seqs2 = getSequence(br,[1 3 5])
seqs2 = 3x1 cell
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }
    {'GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG' }

Найдите первые пять позиций этих последовательностей.

seqs3 = getSubsequence(br,[1 3 5],[1:5])
seqs3 = 3x1 cell
    {'CACTA'}
    {'AGTGG'}
    {'GCTCA'}

Для получения соответствующих последовательностей с этим заголовком можно использовать заголовок. Если несколько последовательностей имеют один и тот же заголовок, функция возвращает все эти последовательности.

Получите первые пять позиций последовательностей с B7_591:4:96:693:509 заголовка.

seqs4 = getSubsequence(br,{'B7_591:4:96:693:509'},[1:5])
seqs4 = 1x1 cell array
    {'CACTA'}

Найдите первое, четвертое и шестое положения первых трех последовательностей.

seq5 = getSubsequence(br,[1:3],[1 4 6])
seq5 = 3x1 cell
    {'CTG'}
    {'CGG'}
    {'AGC'}

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, заданный как BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Подмножество элементов объекта, заданное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек из заголовков) для subset, повторный заголовок задает все элементы с этим заголовком.

Положения последовательности, заданные как вектор положительных целых чисел или логический вектор. Последняя позиция должна находиться в области значений позиций для каждой последовательности, заданной subset.

Пример: [2:10]

Выходные аргументы

свернуть все

Подпоследовательности из подмножества элементов, возвращенные как массив ячеек из векторов символов.

См. также

|

Темы

Введенный в R2010a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте