Exponenta Banner

setHeader

Обновление информации заголовка чтений

Свернуть все на странице

Синтаксис

newObject = setHeader(object,headerInfo)
newObject = setHeader(object,headerInfo,subset)

Описание

пример

newObject = setHeader(object,headerInfo) возвращает новый объект, являющийся копией object с Header значение свойства установлено в headerInfo.

пример

newObject = setHeader(object,headerInfo,subset) возвращает новый объект, являющийся копией object с Header свойство подмножества элементов, установленное в headerInfo. Отношение «один к одному» должно существовать между количеством и порядком элементов в headerInfo и subset.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Сохраните считанные данные из файла в формате SAM в объекте BioRead. Установите 'InMemory' на true загрузить объект в память, чтобы можно было изменить его свойства.

br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: {50x1 cell}
    Sequence: {50x1 cell}
      Header: {50x1 cell}
       NSeqs: 50
        Name: ''

Проверьте информацию о заголовке для первых трех элементов объекта.

br.Header(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'SRR005164.1'}
    {'SRR005164.2'}
    {'SRR005164.3'}

Задайте пользовательские заголовки для первых трех элементов.

headers = {'Header1','Header2','Header3'};

Установите заголовки первых трех элементов. br2 является копией br с обновленными заголовками. Если вам нужно обновить сам объект br, установите его как выход функции.

br2 = setHeader(br,headers,[1:3]);
br2.Header(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'Header1'}
    {'Header2'}
    {'Header3'}

Можно также обновить заголовки объекта br непосредственно с помощью записи через точку.

br.Header(1:3) = headers;
br.Header(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'Header1'}
    {'Header2'}
    {'Header3'}

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, заданный как BioRead или BioMap объект. Если объект не хранится в памяти, вы не можете изменить его свойства, кроме Name свойство.

Пример: readData

Информация о заголовке чтения, заданная как массив ячеек из векторов символов или строкового вектора.

Пример: {'H1','H2','H3'}

Подмножество элементов объекта, заданное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек из заголовков) для subset, повторный заголовок задает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Новый объект с обновленными свойствами, возвращенный как BioRead или BioMap объект.

См. также

|

Темы

Введенный в R2010a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка