setQuality

Обновление информации о качестве

Свернуть все на странице

Синтаксис

newObject = setQuality(object,qualityInfo)
newObject = setQuality(object,qualityInfo,subset)

Описание

пример

newObject = setQuality(object,qualityInfo) возвращает новый объект, являющийся копией object с Quality значение свойства установлено в qualityInfo.

пример

newObject = setQuality(object,qualityInfo,subset) возвращает новый объект, являющийся копией object с Quality свойство подмножества элементов, установленное в qualityInfo. Отношение «один к одному» должно существовать между количеством и порядком элементов в qualityInfo и subset.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Сохраните считанные данные из файла в формате SAM в объекте BioRead. Установите 'InMemory' на true загрузить объект в память, чтобы можно было изменить его свойства.

br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: {50x1 cell}
    Sequence: {50x1 cell}
      Header: {50x1 cell}
       NSeqs: 50
        Name: ''

Проверьте информацию о качестве для первых трех элементов объекта.

br.Quality(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'<A<<@=+><'<<<<>8<>8<<<>;&<=7>8=9#<;<?9<<<<?9<<<<A;<<A<<<@:<<<<>7<?<)<;A;'                                                                                                     }
    {'A<<<;<<<<@:<<<;;A;;A;@=*<<<<A>+<<<A;<<<<<<;;;<;<<@;@9<;<<B<B?.@9<@:A>,<?<)<<<A<<B@81*"<<<<A<A=A<<<<;<<<<<;<<:<<<?8@:8<@:<A;?8'                                                }
    {'<<<<<<;A;<<<<@=*:?9CA90(<6;9;<;<;A<<<;B<<B@5&<;<<A;:A<<B@/A;<<;:<<@:;<;<<<;?9<<<<<<;<:;<1<CA7)7<CA7+990;;9@;A<<;:69B=<1<CA6'<9CA1<@;:>77:?<)<<A;<>8;A==6A<9A?-;@:<B?.A;+;<<:<'}

Сгенерируйте случайные счета качества для первых трех чтений. Предположим, что счета качества находятся между 0 (эквивалентно коду ASCII 33) и 60 (эквивалентно коду ASCII 93).

qualities = cell(3,1);
rng('default');
for i = 1:3
    qualities{i} = char(floor((93 - 33) * rand(1,length(br.Quality{i}))) + 33);
end
qualities
qualities = 3x1 cell
    {'QW(WF&1AZZ*[Z>Q):WPZH#SYINM8H+K"1#&RJ4Z#;7NP,>;GKN1IH*(>Z5D.N0?JVZA))0S0'                                                                                                     }
    {'Q/X5,0E=6RDAX2NN7C%$@OY(C=!5*P3@*E0HJM<&.W*RA\%;'Z!ORU&80Q:W+0))UCA)TF6?9%/(,/:#WY>>5W7'O8/9&(YZC$/6R!#+GLG<A2M,J,7FO%XO>;;3?'                                                }
    {'?RPG7Q@6YUBFD-3=.S,.+.;3X:,W[;'09D0EK.(24:?&0Q"XL>C/<ZA@.>FI87\#VWP&05I)L'H>OKWV5J,"M?=WEFTQC+/V">+[K?=$I#%@&RRL)H@[GQ<:R&(+8RQ$8@:HF2:!\+'7,>5ZX$M1:AY:[3KHAJH+(\+"BUI,7<[*T'}

Обновление информации о качестве первых трех элементов. br2 является копией br с обновленными счетами качества. Если вам нужно обновить сам объект br, установите его как выход функции.

br2 = setQuality(br,qualities,[1:3]);
br2.Quality(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'QW(WF&1AZZ*[Z>Q):WPZH#SYINM8H+K"1#&RJ4Z#;7NP,>;GKN1IH*(>Z5D.N0?JVZA))0S0'                                                                                                     }
    {'Q/X5,0E=6RDAX2NN7C%$@OY(C=!5*P3@*E0HJM<&.W*RA\%;'Z!ORU&80Q:W+0))UCA)TF6?9%/(,/:#WY>>5W7'O8/9&(YZC$/6R!#+GLG<A2M,J,7FO%XO>;;3?'                                                }
    {'?RPG7Q@6YUBFD-3=.S,.+.;3X:,W[;'09D0EK.(24:?&0Q"XL>C/<ZA@.>FI87\#VWP&05I)L'H>OKWV5J,"M?=WEFTQC+/V">+[K?=$I#%@&RRL)H@[GQ<:R&(+8RQ$8@:HF2:!\+'7,>5ZX$M1:AY:[3KHAJH+(\+"BUI,7<[*T'}

Вы можете обновить счета качества объекта br непосредственно с помощью записи через точку.

br.Quality(1:3) = qualities;
br.Quality(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'QW(WF&1AZZ*[Z>Q):WPZH#SYINM8H+K"1#&RJ4Z#;7NP,>;GKN1IH*(>Z5D.N0?JVZA))0S0'                                                                                                     }
    {'Q/X5,0E=6RDAX2NN7C%$@OY(C=!5*P3@*E0HJM<&.W*RA\%;'Z!ORU&80Q:W+0))UCA)TF6?9%/(,/:#WY>>5W7'O8/9&(YZC$/6R!#+GLG<A2M,J,7FO%XO>;;3?'                                                }
    {'?RPG7Q@6YUBFD-3=.S,.+.;3X:,W[;'09D0EK.(24:?&0Q"XL>C/<ZA@.>FI87\#VWP&05I)L'H>OKWV5J,"M?=WEFTQC+/V">+[K?=$I#%@&RRL)H@[GQ<:R&(+8RQ$8@:HF2:!\+'7,>5ZX$M1:AY:[3KHAJH+(\+"BUI,7<[*T'}

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, заданный как BioRead или BioMap объект. Если объект не хранится в памяти, вы не можете изменить его свойства, кроме Name свойство.

Пример: readData

Информация о качестве чтений, заданная как массив ячеек из векторов символов или строкового вектора.

Пример: {'<A<<@=+>','A<<<;<<'}

Подмножество элементов объекта, заданное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек из заголовков) для subset, повторный заголовок задает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Новый объект с обновленными свойствами, возвращенный как BioRead или BioMap объект.

См. также

|

Темы

Введенный в R2010a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте