setSequence

Обновите последовательности чтения

Свернуть все на странице

Синтаксис

newObject = setSequence(object,sequenceInfo)
newObject = setSequence(object,sequenceInfo,subset)

Описание

пример

newObject = setSequence(object,sequenceInfo) возвращает новый объект, являющийся копией object с Sequence значение свойства установлено в sequenceInfo.

пример

newObject = setSequence(object,sequenceInfo,subset) возвращает новый объект, являющийся копией object с Sequence свойство подмножества элементов, установленное в sequenceInfo. Отношение «один к одному» должно существовать между количеством и порядком элементов в sequenceInfo и subset.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Сохраните считанные данные из файла в формате SAM в объекте BioRead. Установите 'InMemory' на true загрузить объект в память, чтобы можно было изменить его свойства.

br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: {50x1 cell}
    Sequence: {50x1 cell}
      Header: {50x1 cell}
       NSeqs: 50
        Name: ''

Проверьте последовательности чтения первых трех элементов объекта.

br.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'TGGCTTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA'                                                                                                     }
    {'TTACACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT'                                                }
    {'CACGAGCGGTATATTTGCCTTTTTGTGCTGTGATTCGATTCTTTTCTCTCCTCCACCCAAGCGAGCTTGCTCACGAAGTGCGATGAGCTCTTTTACTTTTCAAGCTGGTTACTCATTGTATTTTGATTTGTTGTTAGAAATGAACGGATTAATTATTTGTTGCCCGGCATGCA'}

Сгенерируйте случайные последовательности для первых трех чтений. Используйте randseq функция для генерации случайных последовательностей с той же длиной, что и исходные последовательности.

sequenceInfo = cell(3,1);
rng('default');
for i = 1:3
    sequenceInfo{i} = randseq(length(br.Quality{i}));
end
sequenceInfo
sequenceInfo = 3x1 cell
    {'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC'                                                                                                     }
    {'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG'                                                }
    {'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}

Обновляйте последовательности первых трех элементов. br2 является копией br с обновленными последовательностями чтения. Если вам нужно обновить сам объект br, установите его как выход функции.

br2 = setSequence(br,sequenceInfo,[1:3]);
br2.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC'                                                                                                     }
    {'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG'                                                }
    {'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}

Можно также обновить последовательности объекта br непосредственно с помощью записи через точку.

br.Sequence(1:3) = sequenceInfo;
br.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC'                                                                                                     }
    {'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG'                                                }
    {'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, заданный как BioRead или BioMap объект. Если объект не хранится в памяти, вы не можете изменить его свойства, кроме Name свойство.

Пример: readData

Считывайте последовательности, заданные как массив ячеек из векторов символов или строкового вектора, содержащего нуклеотидные последовательности.

Пример: {'TGGCTTC','AAAGCAGTACG'}

Подмножество элементов объекта, заданное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек из заголовков) для subset, повторный заголовок задает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Новый объект с обновленными свойствами, возвращенный как BioRead или BioMap объект.

См. также

|

Темы

Введенный в R2010a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте