Обновите последовательности чтения
возвращает новый объект, являющийся копией newObject
= setSequence(object
,sequenceInfo
)object
с Sequence
значение свойства установлено в sequenceInfo
.
возвращает новый объект, являющийся копией newObject
= setSequence(object
,sequenceInfo
,subset
)object
с Sequence
свойство подмножества элементов, установленное в sequenceInfo
. Отношение «один к одному» должно существовать между количеством и порядком элементов в sequenceInfo
и subset
.
Сохраните считанные данные из файла в формате SAM в объекте BioRead. Установите 'InMemory'
на true
загрузить объект в память, чтобы можно было изменить его свойства.
br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
br = BioRead with properties: Quality: {50x1 cell} Sequence: {50x1 cell} Header: {50x1 cell} NSeqs: 50 Name: ''
Проверьте последовательности чтения первых трех элементов объекта.
br.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell
{'TGGCTTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA' }
{'TTACACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT' }
{'CACGAGCGGTATATTTGCCTTTTTGTGCTGTGATTCGATTCTTTTCTCTCCTCCACCCAAGCGAGCTTGCTCACGAAGTGCGATGAGCTCTTTTACTTTTCAAGCTGGTTACTCATTGTATTTTGATTTGTTGTTAGAAATGAACGGATTAATTATTTGTTGCCCGGCATGCA'}
Сгенерируйте случайные последовательности для первых трех чтений. Используйте randseq
функция для генерации случайных последовательностей с той же длиной, что и исходные последовательности.
sequenceInfo = cell(3,1); rng('default'); for i = 1:3 sequenceInfo{i} = randseq(length(br.Quality{i})); end sequenceInfo
sequenceInfo = 3x1 cell
{'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC' }
{'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG' }
{'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}
Обновляйте последовательности первых трех элементов. br2
является копией br
с обновленными последовательностями чтения. Если вам нужно обновить сам объект br, установите его как выход функции.
br2 = setSequence(br,sequenceInfo,[1:3]); br2.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell
{'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC' }
{'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG' }
{'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}
Можно также обновить последовательности объекта br непосредственно с помощью записи через точку.
br.Sequence(1:3) = sequenceInfo; br.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell
{'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC' }
{'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG' }
{'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}
sequenceInfo
- Чтение последовательностейСчитывайте последовательности, заданные как массив ячеек из векторов символов или строкового вектора, содержащего нуклеотидные последовательности.
Пример: {'TGGCTTC','AAAGCAGTACG'}
subset
- Подмножество элементов в объектеПодмножество элементов объекта, заданное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.
Пример: [1 3]
Совет
Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек из заголовков) для subset
, повторный заголовок задает все элементы с этим заголовком.
newObject
- Новый объект с обновленными свойствамиBioRead
| объекта BioMap
объектНовый объект с обновленными свойствами, возвращенный как BioRead
или BioMap
объект.
У вас есть измененная версия этого примера. Вы хотите открыть этот пример с вашими правками?
Вы щелкнули по ссылке, которая соответствует команде MATLAB:
Выполните эту команду, введя её в командном окне MATLAB.
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.