setSubsequence

Обновление частичных последовательностей

Свернуть все на странице

Синтаксис

newObject = setSubsequence(object,subsequences,subset,positions)

Описание

пример

newObject = setSubsequence(object,subsequences,subset,positions) возвращает новый объект, являющийся копией object с частичными последовательностями подмножества элементов, установленными на subsequences. The positions аргумент задает положения последовательности, которые будут обновляться subsequences. Отношение «один к одному» должно существовать между количеством и порядком элементов в subsequences и subset.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Сохраните считанные данные из файла в формате SAM в объекте BioRead. Установите 'InMemory' на true загрузить объект в память, чтобы можно было изменить его свойства.

br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: {50x1 cell}
    Sequence: {50x1 cell}
      Header: {50x1 cell}
       NSeqs: 50
        Name: ''

Предположим, что вы хотите обновить последовательности первых двух чтений частично (для примера первые пять позиций). Сначала проверьте существующие последовательности.

br.Sequence(1:2)
ans = 2x1 cell
    {'TGGCTTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA'                                                     }
    {'TTACACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT'}

Определите подпоследовательности. Каждая подпоследовательность должна иметь одинаковую длину.

subSequences = {'ATTCG','TACTA'}
subSequences = 1x2 cell
    {'ATTCG'}    {'TACTA'}

Обновите первые пять позиций первых двух показаний. Количество позиций должно равняться длине каждой подпоследовательности. В этом примере общее количество позиций составляет пять, как и длина каждой подпоследовательности. br2 является копией br с обновленными последовательностями чтения. Если вам нужно обновить сам объект br, установите его как выход функции. 

positions   = [1:5];
subset      = [1 2];
br2         = setSubsequence(br,subSequences,subset,positions);
br2.Sequence(1:2)
ans = 2x1 cell
    {'ATTCGTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA'                                                     }
    {'TACTACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT'}

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, заданный как BioRead или BioMap объект. Если объект не хранится в памяти, вы не можете изменить его свойства, кроме Name свойство.

Пример: readData

Последовательности частичного чтения, заданные как массив ячеек из векторов символов или строкового вектора. Каждый вектор или строка символов (то есть каждая последовательность) должна быть одинаковой длины.

Пример: {'TGGCTTC','AAAGCAG'}

Подмножество элементов объекта, заданное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

Когда вы используете заголовок последовательности (или массив ячеек из заголовков) для subset, повторный заголовок задает все элементы с этим заголовком.

Положения последовательности, заданные как вектор положительных целых чисел или логический вектор. Количество позиций должно равняться длине каждого вектора символов или строки в subsequences.

Пример: [1:5]

Выходные аргументы

свернуть все

Новый объект с обновленными свойствами, возвращенный как BioRead или BioMap объект.

См. также

|

Темы

Введенный в R2010a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте