Exponenta Banner
exponenta event banner

write

Запись содержимого объекта BioRead или BioMap в файл

Свернуть все на странице

Синтаксис

write(object,fName)
write(object,fName,Name,Value)

Описание

пример

write(object,fName) записывает содержимое объекта BioRead или BioMap в файл с именем fName.

пример

write(object,fName,Name,Value) использует дополнительные опции, заданные одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Для примера, write(object,'data','Format','FASTQ') сохраняет содержимое объекта в FASTQ-форматированном файле data.fastq.

Примеры

свернуть все

Создайте BioRead объект из файла FASTQ.

BRObj = BioRead('SRR005164_1_50.fastq');

Извлеките первые 10 элементов из BRObj и храните их в новом объекте.

subsetBRObj = getSubset(BRObj, [1:10]);

Запишите содержимое данных подмножества в файл с именем subsetData.fastq в локальном C привода. По умолчанию файл имеет формат FASTQ, поскольку объект содержит данные о качестве.

write(subsetBRObj, 'C:\subsetData');

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, заданный как BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Имя файла, в котором содержится object записываются, задаются как вектор символов или строка.

Функция автоматически добавляет расширение файла в зависимости от типа данных, содержащихся в объекте. Если вы предоставляете расширение, функция проверяет согласованность между расширением и форматом данных объекта. Имя файла может быть задано по пути к файлу. Если путь отсутствует, функция записывает файл в ту же папку, где находится исходный файл, или в текущую папку, если данные находятся в памяти.

Пример: 'output'

Типы данных: char

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: write(object,'data','Format','FASTQ') сохраняет содержимое объекта в FASTQ-форматированном файле data.fastq.

Формат файла, заданный как разделенная разделенными запятой парами, состоящая из 'Format' и вектор символов или строка.

Для BioRead объекты, доступные форматы 'FASTA' и 'FASTQ'. Формат по умолчанию 'FASTA' если объект не содержит качеств, то есть Quality свойство пустое. В противном случае формат по умолчанию 'FASTQ'.

Для BioMap объекты, доступные форматы 'FASTA', 'FASTQ', 'SAM', и 'BAM' (по умолчанию).

Пример: 'Format','FASTA'

Типы данных: char

Логический индикатор для перезаписи существующего файла, заданный как разделенная разделенными запятой парами, состоящая из 'Overwrite' и true или false. Если trueфункция перезаписывает файл и удаляет любой соответствующий индекс файл (*.idx,*.bai,*.linearindex) или упорядоченный файл (*.ordered.bam, *.ordered.sam) что больше не нужно.

Пример: 'Overwrite',true

Типы данных: logical

См. также

|

Темы

Введенный в R2010a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка