Постройте хромосомную идеограмму с шаблоном G-banding
chromosomeplot(CytoData)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum,
...,'Orientation', OrientationValue, ...)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum,
...,'ShowBandLabel', ShowBandLabelValue,
...)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum,
...,'AddToPlot', AddToPlotValue, ...)
chromosomeplot(..., 'Unit', UnitValue,
...)
chromosomeplot(..., 'CNV', CNVValue,
...)
CytoData | Одно из следующих:
Совет Используйте |
ChromNum | Скаляр или вектор символов или строка, задающая одну хромосому для построения графика. Допустимые значения: целые числа, 'X', и 'Y'. Примечание Настройка |
OrientationValue | Вектор символов или строка или число, которое задает ориентацию идеограммы одной хромосомы, заданную ChromNum. Варианты 'Vertical' или 1 (по умолчанию) и 'Horizontal' или 2. |
ShowBandLabelValue | Управляет отображением меток полосы (таких как q25.3) при построении графика одной хромосомной идеограммы, заданной ChromNum. Варианты true (по умолчанию) или false. |
AddToPlotValue | Имя переменной оси рисунка, к которой можно добавить идеограмму одной хромосомы, заданную как ChromNum. Примечание Если вы используете это свойство для добавления идеограммы к графику геномных данных, который находится в модулях, отличных от bp, используйте Совет Перед печатью рисунка, содержащего добавленную хромосомную идеограмму, смените фон на белый путем ввода следующей команды: set(gcf,'color','w') |
UnitValue | Целое число, которое задает модули (основы, пары километрических основ или пары мега-баз) для начальных и конечных геномных положений. Эта единица используется в всплывающей подсказке, отображаемой при наведении указателя мыши на хромосомы в идеограмме. Этот модуль также может использоваться при использовании 'AddToPlot' свойство для добавления идеограммы к графику в модулях, отличных от bp. Варианты 1 (bp), 2 (kb), или 3 (мб). По умолчанию это 1 (bp). |
CNVValue | Управляет отображением данных отклонения номера копии (CNV), предоставляемых CNVValue, выровненный по хромосомной идеограмме. Усиления показаны зеленым цветом справа или выше идеограммы, в то время как потери показаны красным цветом слева или ниже идеограммы. CNVValue - массив структур, содержащий четыре поля, описанные в таблице ниже. |
chromosomeplot( строит графики идеограммы всех хромосом, используя информацию от CytoData)CytoData, структуру, содержащую цитогенетические данные G-banding (в единицах bp), или вектор символов или строку, задающую файл, содержащий цитогенетические данные G-banding (в единицах bp), такой как текстовый файл идеограммы NCBI или текстовый файл cytoband Genome Browser UCSSC C C. Полосы G различают различные области хромосомы. Для примера, для идеограммы Homo sapiens, возможными полосами G являются:
gneg - белый
gpos25 - светло-серый
gpos50 - средний серый
gpos75 - темно-серый
gpos100 - черный
acen - красный (centromere)
stalk - изрезанная область (область с повторениями)
gvar - светло-синий
Более темные полосы богаты AT, в то время как более легкие полосы богаты GC.
chromosomeplot( строит графики идеограммы одной хромосомы, заданной CytoData, ChromNum)ChromNum.
хромосомплот (..., вызывает 'PropertyName', PropertyValue, ...)chromosomeplot с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
chromosomeplot( задает ориентацию идеограммы одной хромосомы, заданную как CytoData, ChromNum,
...,'Orientation', OrientationValue, ...)ChromNum. Варианты 'Vertical' или 1 (по умолчанию) и 'Horizontal' или 2.
Примечание
При построении графика идеограммы всех хромосом ориентация всегда вертикальная.
chromosomeplot( отображает метки полосы (такие как q25.3) при построении графика одной хромосомной идеограммы, заданной CytoData, ChromNum,
...,'ShowBandLabel', ShowBandLabelValue,
...)ChromNum. Варианты true (по умолчанию) или false.
chromosomeplot( добавляет одинарную хромосомную идеограмму, заданную как CytoData, ChromNum,
...,'AddToPlot', AddToPlotValue, ...)ChromNum, к оси рисунка, заданной как AddToPlotValue.
Примечание
Если вы используете это свойство для добавления идеограммы к графику геномных данных, который находится в модулях, отличных от bp, используйте 'Unit' свойство для преобразования данных идеограммы в соответствующие модули.
Совет
Перед печатью рисунка, содержащего добавленную хромосомную идеограмму, смените фон на белый путем ввода следующей команды:
set(gcf,'color','w')
chromosomeplot(..., 'Unit', задает модули (основы, пары основ или пары мега-баз) для начальных и конечных геномных положений. Эта единица используется в всплывающей подсказке, отображаемой при наведении указателя мыши на хромосомы в идеограмме. Этот модуль также может использоваться при использовании UnitValue,
...)'AddToPlot' свойство для добавления идеограммы к графику в модулях, отличных от bp. Варианты 1 (bp), 2 (kb), или 3 (мб). По умолчанию это 1 (bp).
chromosomeplot(..., 'CNV', отображает данные отклонения номера копирования (CNV), предоставляемые CNVValue,
...)CNVValue, выровненный по хромосомной идеограмме. Усиления показаны зеленым цветом справа или выше идеограммы, в то время как потери показаны красным цветом слева или ниже идеограммы. CNVValue - массив структур, содержащий следующие поля. Каждое поле должно содержать одинаковое количество элементов.
| Область | Описание |
|---|---|
Chromosome | Одно из следующих:
|
CNVType | Числовой вектор, содержащий тип каждого CNV, либо |
Start | Численный вектор, содержащий исходное геномное положение каждого CNV. Модули должны быть в базовых парах. |
End | Численный вектор, содержащий конечное геномное положение каждого CNV. Модули должны быть в базовых парах. |
Считайте информацию о цитогенетическом связывании для Homo sapiens в структуру.
hs_cytobands = cytobandread('hs_cytoBand.txt')hs_cytobands = struct with fields:
ChromLabels: {862x1 cell}
BandStartBPs: [862x1 int32]
BandEndBPs: [862x1 int32]
BandLabels: {862x1 cell}
GieStains: {862x1 cell}
Постройте график всей хромосомной идеограммы.
chromosomeplot(hs_cytobands);
title('Human Karyogram')
Можно отобразить идеограмму определенной хромосомы, щелкнув ее правой кнопкой мыши на графике, затем выбрав Display in New Figure > Vertical или Horizontal.
Можно также программно отобразить идеограмму определенной хромосомы, задать ориентацию, а модули, используемые в всплывающей подсказке, равны кило базовых пар.
chromosomeplot(hs_cytobands, 15, 'Orientation', 2, 'Unit', 2);
Наведите на хромосому, чтобы просмотреть всплывающие подсказки. Чтобы получить дополнительные сведения о определенной полосе, нажмите кнопку «Data Cursor» на панели инструментов и щелкните полоса на графике. Используйте контекстное меню (щелкните правой кнопкой мыши), чтобы увидеть другие опции, такие как удаление или создание всплывающих подсказок.
Загрузите данные CGH (aCGH) на основе массивов из исследования клеточной линии Кориелла (Snijders, A. et al., 2001).
load coriell_baccghИспользуйте cghcbs функция для анализа хромосомы 10 выборки 3 (GM05296) данных aCGH и возврата данных отклонению числа копий (CNV) в структуре S. Постройте график сегмента по исходным данным только для хромосомы 10 выборки 3.
S = cghcbs(coriell_data,'sampleindex',3,'chromosome',10,... 'showplot',10);
Analyzing: GM05296. Current chromosome 10
Используйте функцию хромосомеплота с опцией 'addtoplot', чтобы добавить идеограмму хромосомы 10 для Homo sapiens к графику. Поскольку график данных CNV из исследования линии камеры Кориелла в kb модулей, используйте свойство ' Модуль', чтобы преобразовать данные идеограммы в модули kb.
set(gcf,'color','w'); % Set the background of the figure to white. chromosomeplot('hs_cytoBand.txt', 10, 'addtoplot', gca,... 'Unit', 2);
[1] Снейдерс, А. М., Новак, Н., Сегрейвз, Р., Блэквуд, С., Браун, Н., Конрой, Дж., Гамильтон, Г., Хиндл, А. К., Хьюи, Б., Кимура, К., Лоу, С., Grey, J.W., Jain, A.N., Pinkel, D., and Albertson, D.G. (2001). Сборка микромассивов для общегеномного измерения количества копий ДНК. Генетика природы 29, 263-264.