chromosomeplot

Постройте хромосомную идеограмму с шаблоном G-banding

Свернуть все на странице

Синтаксис

chromosomeplot(CytoData)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'Orientation', OrientationValue, ...)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'ShowBandLabel', ShowBandLabelValue, ...)
chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'AddToPlot', AddToPlotValue, ...)
chromosomeplot(..., 'Unit', UnitValue, ...)
chromosomeplot(..., 'CNV', CNVValue, ...)

Аргументы

CytoDataОдно из следующих:

  • Вектор символов или строка, задающая файл, содержащий цитогенетические данные G-banding (в единицах bp), такой как текстовый файл идеограммы NCBI или текстовый файл браузера генома UCSC.

  • Структура, содержащая данные цитогенетического перегиба (в единицах bp) в следующих областях:

    • ChromLabels

    • BandStartBPs

    • BandEndBPs

    • BandLabels

    • GieStains

Совет

Используйте cytobandread функция для создания структуры, используемой для CytoData.

ChromNumСкаляр или вектор символов или строка, задающая одну хромосому для построения графика. Допустимые значения: целые числа, 'X', и 'Y'.

Примечание

Настройка ChromNum на 0 Построение идеограмм для всех хромосом.

OrientationValueВектор символов или строка или число, которое задает ориентацию идеограммы одной хромосомы, заданную ChromNum. Варианты 'Vertical' или 1 (по умолчанию) и 'Horizontal' или 2.
ShowBandLabelValueУправляет отображением меток полосы (таких как q25.3) при построении графика одной хромосомной идеограммы, заданной ChromNum. Варианты true (по умолчанию) или false.
AddToPlotValueИмя переменной оси рисунка, к которой можно добавить идеограмму одной хромосомы, заданную как ChromNum.

Примечание

Если вы используете это свойство для добавления идеограммы к графику геномных данных, который находится в модулях, отличных от bp, используйте 'Unit' свойство для преобразования данных идеограммы в соответствующие модули.

Совет

Перед печатью рисунка, содержащего добавленную хромосомную идеограмму, смените фон на белый путем ввода следующей команды:

set(gcf,'color','w')
UnitValueЦелое число, которое задает модули (основы, пары километрических основ или пары мега-баз) для начальных и конечных геномных положений. Эта единица используется в всплывающей подсказке, отображаемой при наведении указателя мыши на хромосомы в идеограмме. Этот модуль также может использоваться при использовании 'AddToPlot' свойство для добавления идеограммы к графику в модулях, отличных от bp. Варианты 1 (bp), 2 (kb), или 3 (мб). По умолчанию это 1 (bp).
CNVValueУправляет отображением данных отклонения номера копии (CNV), предоставляемых CNVValue, выровненный по хромосомной идеограмме. Усиления показаны зеленым цветом справа или выше идеограммы, в то время как потери показаны красным цветом слева или ниже идеограммы. CNVValue - массив структур, содержащий четыре поля, описанные в таблице ниже.

Описание

chromosomeplot(CytoData) строит графики идеограммы всех хромосом, используя информацию от CytoData, структуру, содержащую цитогенетические данные G-banding (в единицах bp), или вектор символов или строку, задающую файл, содержащий цитогенетические данные G-banding (в единицах bp), такой как текстовый файл идеограммы NCBI или текстовый файл cytoband Genome Browser UCSSC C C. Полосы G различают различные области хромосомы. Для примера, для идеограммы Homo sapiens, возможными полосами G являются:

  • gneg - белый

  • gpos25 - светло-серый

  • gpos50 - средний серый

  • gpos75 - темно-серый

  • gpos100 - черный

  • acen - красный (centromere)

  • stalk - изрезанная область (область с повторениями)

  • gvar - светло-синий

Более темные полосы богаты AT, в то время как более легкие полосы богаты GC.

chromosomeplot(CytoData, ChromNum) строит графики идеограммы одной хромосомы, заданной ChromNum.

хромосомплот (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает chromosomeplot с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'Orientation', OrientationValue, ...) задает ориентацию идеограммы одной хромосомы, заданную как ChromNum. Варианты 'Vertical' или 1 (по умолчанию) и 'Horizontal' или 2.

Примечание

При построении графика идеограммы всех хромосом ориентация всегда вертикальная.

chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'ShowBandLabel', ShowBandLabelValue, ...) отображает метки полосы (такие как q25.3) при построении графика одной хромосомной идеограммы, заданной ChromNum. Варианты true (по умолчанию) или false.

chromosomeplot(CytoData, ChromNum, ...,'AddToPlot', AddToPlotValue, ...) добавляет одинарную хромосомную идеограмму, заданную как ChromNum, к оси рисунка, заданной как AddToPlotValue.

Примечание

Если вы используете это свойство для добавления идеограммы к графику геномных данных, который находится в модулях, отличных от bp, используйте 'Unit' свойство для преобразования данных идеограммы в соответствующие модули.

Совет

Перед печатью рисунка, содержащего добавленную хромосомную идеограмму, смените фон на белый путем ввода следующей команды:

set(gcf,'color','w')

chromosomeplot(..., 'Unit', UnitValue, ...) задает модули (основы, пары основ или пары мега-баз) для начальных и конечных геномных положений. Эта единица используется в всплывающей подсказке, отображаемой при наведении указателя мыши на хромосомы в идеограмме. Этот модуль также может использоваться при использовании 'AddToPlot' свойство для добавления идеограммы к графику в модулях, отличных от bp. Варианты 1 (bp), 2 (kb), или 3 (мб). По умолчанию это 1 (bp).

chromosomeplot(..., 'CNV', CNVValue, ...) отображает данные отклонения номера копирования (CNV), предоставляемые CNVValue, выровненный по хромосомной идеограмме. Усиления показаны зеленым цветом справа или выше идеограммы, в то время как потери показаны красным цветом слева или ниже идеограммы. CNVValue - массив структур, содержащий следующие поля. Каждое поле должно содержать одинаковое количество элементов.

ОбластьОписание
Chromosome

Одно из следующих:

  • Числовой вектор, содержащий число хромосом, на котором расположен каждый CNV.

    Примечание

    Для половой хромосомы, X, используйте N, где N = количество аутосомов + 1. Для половой хромосомы, Y, используйте M, где M = количество аутосомов + 2. Для примера, для Homo sapiens используйте 23 для X и 24 для Y, и для Mus musculus (лабораторная мышь), используйте 20 для X и 21 для Y.

  • Символьный массив, содержащий номер хромосомы, на котором расположен каждый CNV.

    Примечание

    Использование символьного массива позволяет использовать символы X и Y (вместо чисел) для половых хромосом. Однако все элементы массива должны быть одинаковыми по ширине, что может потребовать добавления пространств к некоторым векторам символов. Для примера:

    [' 1'; ' 2'; '10'; ' X']

    Или вы можете использовать char функция с массивом ячеек, чтобы создать символьный массив из чисел хромосом и букв. Для примера: 

    char({'1', '2', '10', 'X'})

CNVType

Числовой вектор, содержащий тип каждого CNV, либо 1 (потеря) или 2 (коэффициент усиления).

Start

Численный вектор, содержащий исходное геномное положение каждого CNV. Модули должны быть в базовых парах.

End

Численный вектор, содержащий конечное геномное положение каждого CNV. Модули должны быть в базовых парах.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Считайте информацию о цитогенетическом связывании для Homo sapiens в структуру.

hs_cytobands = cytobandread('hs_cytoBand.txt')
hs_cytobands = struct with fields:
     ChromLabels: {862x1 cell}
    BandStartBPs: [862x1 int32]
      BandEndBPs: [862x1 int32]
      BandLabels: {862x1 cell}
       GieStains: {862x1 cell}

Постройте график всей хромосомной идеограммы.

chromosomeplot(hs_cytobands);
title('Human Karyogram')

Можно отобразить идеограмму определенной хромосомы, щелкнув ее правой кнопкой мыши на графике, затем выбрав Display in New Figure > Vertical или Horizontal.

Можно также программно отобразить идеограмму определенной хромосомы, задать ориентацию, а модули, используемые в всплывающей подсказке, равны кило базовых пар.

chromosomeplot(hs_cytobands, 15, 'Orientation', 2, 'Unit', 2);

Наведите на хромосому, чтобы просмотреть всплывающие подсказки. Чтобы получить дополнительные сведения о определенной полосе, нажмите кнопку «Data Cursor» на панели инструментов и щелкните полоса на графике. Используйте контекстное меню (щелкните правой кнопкой мыши), чтобы увидеть другие опции, такие как удаление или создание всплывающих подсказок.

Открыть Live Script

Загрузите данные CGH (aCGH) на основе массивов из исследования клеточной линии Кориелла (Snijders, A. et al., 2001).

load coriell_baccgh

Используйте cghcbs функция для анализа хромосомы 10 выборки 3 (GM05296) данных aCGH и возврата данных отклонению числа копий (CNV) в структуре S. Постройте график сегмента по исходным данным только для хромосомы 10 выборки 3. 

S = cghcbs(coriell_data,'sampleindex',3,'chromosome',10,...
           'showplot',10);
Analyzing: GM05296. Current chromosome 10

Figure contains an axes. The axes with title GM05296 - Chr 10 contains 4 objects of type line.

Используйте функцию хромосомеплота с опцией 'addtoplot', чтобы добавить идеограмму хромосомы 10 для Homo sapiens к графику. Поскольку график данных CNV из исследования линии камеры Кориелла в kb модулей, используйте свойство ' Модуль', чтобы преобразовать данные идеограммы в модули kb.

set(gcf,'color','w'); % Set the background of the figure to white.
chromosomeplot('hs_cytoBand.txt', 10, 'addtoplot', gca,...
               'Unit', 2);

Figure contains an axes. The axes with title GM05296 - Chr 10 contains 4 objects of type line.

Ссылки

[1] Снейдерс, А. М., Новак, Н., Сегрейвз, Р., Блэквуд, С., Браун, Н., Конрой, Дж., Гамильтон, Г., Хиндл, А. К., Хьюи, Б., Кимура, К., Лоу, С., Grey, J.W., Jain, A.N., Pinkel, D., and Albertson, D.G. (2001). Сборка микромассивов для общегеномного измерения количества копий ДНК. Генетика природы 29, 263-264.

См. также

|

Введенный в R2007b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте