cytobandread
Чтение информации о цитогенетическом бандаже
Синтаксис
CytoStruct = cytobandread(File)
Входные параметры
File | Вектор символов или строка, задающая файл, содержащий цитогенетические данные G-banding, такой как текстовый файл идеограммы NCBI или текстовый файл cytoband браузера генома UCSC. |
Выходные аргументы
CytoStruct | Структура, содержащая данные цитогенетического перегиба в следующих областях:
|
Описание
CytoStruct = cytobandread(File)File, которая является вектором символов или строкой, задающей файл, содержащий цитогенетические данные G-полосы, и возвраты CytoStruct, которая является структурой, содержащей следующие поля.
| Область | Описание |
|---|---|
ChromLabels | Массив ячеек, содержащий метку хромосомы (число или букву), на которой расположена каждая полоса. |
BandStartBPs | Вектор-столбец, содержащий номер базовой пары в начале каждой полосы значений. |
BandEndBPs | Вектор-столбец, содержащий номер базовой пары в конце каждой полосы значений. |
BandLabels | Массив ячеек, содержащий метку FISH каждой полосы значений, например p32.3. |
GieStains | Массив ячеек, содержащий результат окрашивания Giemsa для каждой полосы. Возможные результаты окрашивания зависят от вида. Для примера, для Homo sapiens, возможности:
|
Совет
Можно загрузить файлы, содержащие данные цитогенетического G-banding с сайта ftp NCBI или UCSC Genome Browser. Для примера можно скачать данные цитогенетического бандинга для Homo sapiens из:
Примеры
Чтение информации о цитогенетическом бандинге из файла
Считайте информацию о цитогенетическом связывании для Homo sapiens в структуру.
bands = cytobandread('hs_cytoBand.txt')bands = struct with fields:
ChromLabels: {862x1 cell}
BandStartBPs: [862x1 int32]
BandEndBPs: [862x1 int32]
BandLabels: {862x1 cell}
GieStains: {862x1 cell}
Постройте график всей хромосомной идеограммы.
chromosomeplot(bands)
title('Human Karyogram')
См. также
Введенный в R2007b