Генетический анализ вариантов

Найти, проанализировать и визуализировать генетические варианты, такие как изменения числа копий (CNV) и полиморфизмы с одним нуклеотидом (SNP)

Функции

cghcbsВыполните круговую двоичную сегментацию (CBS) на основе массивов данных сравнительной геномной гибридизации (aCGH)
cghfreqplotЧастота отображения изменений числа копий ДНК на нескольких выборках
chromosomeplotПостройте хромосомную идеограмму с шаблоном G-banding
gcrmaВыполните настройку фона GC Robust Мультимассива Среднего значения (GCRMA), нормализацию квантиля и медианное суммирование по данным Affymetrix микромассива уровня зонда
gcrmabackadjВыполните настройку фона GC Robust Multi-array Average (GCRMA) на данных уровня зонда микромассива Affymetrix с использованием информации о последовательности
mattestВыполните t-тест с двумя образцами, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов из двух экспериментальных условий или фенотипов
mafdrОцените положительную частоту ложных открытий для многократной проверки гипотез
mavolcanoplotСоздайте соотношение значимости и экспрессии генов (изменение складки) графика поля точек данных о микромассиве
mairplotСоздайте график поля точек интенсивности от отношения микромассива данных
maboxplotСоздайте прямоугольный график для данных микромассивов
maloglogСоздайте логарифмический график данных микромассивов
mapcaplotСоздайте график анализа основных компонентов (PCA) данных микромассивов
nbintestНепарный тест гипотезы для данных подсчета с небольшими размерами выборки

Классы

DataMatrixСоздайте объект DataMatrix
DataMatrix objectСтруктура данных, инкапсулирующая данные и метаданные из эксперимента с микромассивами, чтобы ее можно было индексировать по идентификаторам генов или зондов и по идентификаторам выборок
NegativeBinomialTestРезультат непарного теста гипотезы

Рекомендуемые примеры

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте