featureview
Нарисуйте линейную или круговую карту функций из структуры GenBank
Синтаксис
featureview(GBStructure)
featureview(GBStructure, FeatList)
featureview(GBStructure, FeatList, Levels)
featureview(GBStructure, Levels)
[Handles, OutFeatList] = featureview(...)
featureview(..., 'FontSize', FontSizeValue, ...)
featureview(..., 'ColorMap', ColorMapValue, ...)
featureview(..., 'Qualifiers', QualifiersValue, ...)
featureview(..., 'ShowPositions', ShowPositionsValue, ...)
Аргументы
| GenBank® структура, обычно созданная с помощью |
| Вектор строка или массив ячеек из векторов символов, задающих имена функций (из списка всех функций структуры GenBank) для включения в карту или исключения из нее.
По умолчанию |
| Вектор |
| Скаляр, который устанавливает размер шрифта (точек) для аннотаций функций. По умолчанию это |
| Трехколоночная матрица, для задания списка цветов, используемых для каждой функции. Эта матрица заменяет матрицу по умолчанию, которая задает следующие цвета и порядок: синий, зеленый, красный, голубой, пурпурный, желтый, коричневый, светло-зеленый, оранжевый, фиолетовый, золотой и серебряный. В матрице каждая строка соответствует цвету, и каждый столбец задает красную, зеленую и синюю интенсивность соответственно. Допустимые значения интенсивности RGB |
| Массив ячеек из символьных векторов или строкового вектора для задания упорядоченного списка квалификаторов для поиска в структуре и использования в качестве аннотаций. Для каждой функции для его аннотации используется первый соответствующий квалификатор, найденный из списка. Если функции не содержит ни одного из квалификаторов, аннотация для этой функции не отображений. По умолчанию Совет Задайте Совет Чтобы определить все квалификаторы, доступные для данной функции, выполните одно из следующих действий:
|
| Свойство для добавления положения последовательности к метке аннотации для каждой функции. Введите |
Описание
featureview( создает линейную или круговую карту всех функций из структуры GenBank, обычно созданную с помощью GBStructure)getgenbank или genbankread функция.
featureview( создает линейную или округлую карту подмножества функций из структуры GenBank. GBStructure, FeatList)FeatList позволяет вам задать функции (из списка всех функций в структуре GenBank) для включения в карту или исключения из нее.
Если
FeatList- массив ячеек, эти функции сопоставлены. Любые функции вFeatListне найденные в структуре GenBank, игнорируются.Если
FeatListвключает'-'в качестве первой строки в массиве ячеек оставшиеся строки (функции) не отображаются.
По умолчанию FeatList представляет собой список всех функций в структуре GenBank.
featureview( или GBStructure, FeatList, Levels)featureview( указывает, какой уровень на карте рисуется каждая функция. Уровень 1 является самым левым (линейная карта) или самым внутренним (круговая карта) уровнем и уровнем GBStructure, Levels)N - самый правый (линейная карта) или самый внешний (круговая карта) уровень, где N - количество функций.
Levels является вектором N целые числа, где N - количество функций. Каждое целое число представляет уровень в карте для соответствующей функции. Для примера, если Levels = [1, 1, 2, 3, 3]первые две функции появятся на уровне 1, третья - на уровне 2 и четвертая и пятая - на уровне 3. По умолчанию Levels = [1:N].
[ возвращает список указателей для каждой функции в Handles, OutFeatList] = featureview(...)OutFeatList. Также возвращается OutFeatList, который является массивом ячеек сопоставленных функций.
Совет
Использование Handles и OutFeatList с legend команда для создания легенды функций.
featureview (..., задает необязательные свойства, которые используют имя свойства/ значение пар в любом порядке. Эти имя свойства/ значение пары следующие:'PropertyName', PropertyValue, ...)
featureview(..., 'FontSize', устанавливает размер шрифта (точек) для аннотаций функций. Значения по умолчанию FontSizeValue, ...)FontSizeValue является 9.
featureview(..., 'ColorMap', задает список цветов, используемых для каждой функции. Эта матрица заменяет матрицу по умолчанию, которая задает следующие цвета и порядок: синий, зеленый, красный, голубой, пурпурный, желтый, коричневый, светло-зеленый, оранжевый, фиолетовый, золотой и серебряный. ColorMapValue, ...)ColorMapValue является трехколоночной матрицей, где каждая строка соответствует цвету, и каждый столбец задает красную, зеленую и синюю интенсивность соответственно. Допустимые значения интенсивности RGB 0.0 на 1.0.
featureview(..., 'Qualifiers', позволяет задавать упорядоченный список классификаторов для поиска и использования в качестве аннотаций. Для каждой функции для его аннотации используется первый соответствующий квалификатор, найденный из списка. Если функции не содержит ни одного из квалификаторов, аннотация для этой функции не отображений. QualifiersValue, ...)QualifiersValue - массив ячеек из векторов символов или строкового вектора. По умолчанию QualifiersValue = {'gene', 'product', 'locus_tag', 'note', 'db_xref', 'protein_id'}. Предоставьте свои собственные QualifiersValue чтобы ограничить или расширить список квалификаторов или изменить порядок поиска.
Совет
Задайте QualifiersValue = {} чтобы создать карту без аннотаций.
Совет
Чтобы определить все квалификаторы, доступные для данной функции, выполните одно из следующих действий:
Создайте карту, а затем щелкните функцию или его аннотацию, чтобы отобразить все классификаторы для этой функции.
Используйте
featureparseкоманда, чтобы проанализировать все функции в новую структуру, а затем использоватьfieldnamesкоманда для перечисления квалификаторов для определенной функции.
featureview(..., 'ShowPositions', позволяет добавить положение последовательности к метке аннотации. Если ShowPositionsValue, ...)ShowPositionsValue является trueположения последовательности добавляются к меткам аннотаций. По умолчанию это false.
После создания карты:
Щелкните функцию или аннотацию, чтобы отобразить список всех квалификаторов для этой функции.
Масштабирование графика осуществляется нажатием следующих кнопок:
или 
Примеры
В следующем примере создается круговая карта из пяти различных функций, отображенных на трех уровнях. Он также использует выходы featureview функционировать как входы к legend функция для добавления легенды к карте.
GBStructure = getgenbank('J01415');
[Handles, OutFeatList] = featureview(GBStructure, ...
{'CDS','D_loop','mRNA','tRNA','rRNA'}, [1 2 2 2 3])
legend(Handles, OutFeatList, 'interpreter', 'none', ...
'location','bestoutside')
title('Human Mitochondrion, Complete Genome')
В следующем примере создается линейная карта, показывающая только функцию гена. Он изменяет шрифт меток на семь точек и включает положение последовательности в метках.
herpes = getgenbank('NC_001348');
featureview(herpes,{'gene'},'fontsize',7,'showpositions',true)
title('Genes in Human herpesvirus 3 (strain Dumas)')
В следующем примере используется getgenbank функция для создания структуры GenBank, GBStructure. Затем он использует featureparse функция для анализа функций структуры GenBank в новую структуру, features. Затем он использует fieldnames функция для возврата всех квалификаторов для одной из функций, D_loop.
GenBankStructure = getgenbank('J01415');
features = featureparse (GenBankStructure)
features =
source: [1x1 struct]
D_loop: [1x2 struct]
rep_origin: [1x3 struct]
repeat_unit: [1x4 struct]
misc_signal: [1x1 struct]
misc_RNA: [1x1 struct]
variation: [1x17 struct]
tRNA: [1x22 struct]
rRNA: [1x2 struct]
mRNA: [1x10 struct]
CDS: [1x13 struct]
conflict: [1x1 struct]
fieldnames(features.D_loop)
ans =
'Location'
'Indices'
'note'
'citation'