Функции анализа из данных GenBank, GenPept или EMBL
FeatStruct = featureparse(Features)
FeatStruct =
featureparse(Features, ...'Feature', FeatureValue,
...)
FeatStruct = featureparse(Features,
...'Sequence', SequenceValue, ...)
Features | Любое из следующих:
|
FeatureValue | Имя функции, содержащегося в Features. Когда задано, featureparse возвращает только подструктуру, которая соответствует этой функции. Если существует несколько функций с одинаковыми FeatureValue, затем FeatStruct - массив структур. |
SequenceValue | Свойство управлять извлечением, когда это возможно, последовательностей, соответствующих каждой функции, соединяя и дополняя части исходной последовательности и сохраняя их в Sequence поле возвращаемой структуры, FeatStruct. При извлечении последовательности из неполной функции CDS, featureparse использует codon_start для корректировки системы координат последовательности. Варианты true или false (по умолчанию). |
FeatStruct | Структура output, содержащая поле для каждой функции базы данных. Каждое имя поля в FeatStruct соответствует соответствующему имени функции в базе данных GenBank, GenPept или EMBL, за исключением, перечисленных в таблице ниже. Поля в FeatStruct содержат подструктуры с определителями функций в качестве полей. В базах данных GenBank, GenPept и EMBL для каждой функции единственным обязательным квалификатором является его местоположение, которое featureparse переводится в поле Location. Когда это возможно, featureparse также переводит это расположение в числовые индексы, создавая Indices поле.Примечание Если вы используете |
FeatStruct = featureparse(Features)Features, который содержит функции GenBank, GenPept или EMBL. Features может быть:
Вектор символов или строка, содержащая функции GenBank, GenPept или EMBL
MATLAB символьного массива включая текст, описывающий функции GenBank, GenPept или EMBL
Структура MATLAB с полями, соответствующими данным GenBank, GenPept или EMBL, такими как возвращенные genbankread, genpeptread, emblread, getgenbank, getgenpept, или getembl
FeatStruct - структура output, содержащая поле для каждой функции базы данных. Каждое имя поля в FeatStruct соответствует соответствующему имени функции в базе данных GenBank, GenPept или EMBL за следующими исключениями.
| Имя функции в базах данных GenBank, GenPept или EMBL | Имя поля в структуре MATLAB |
|---|---|
-10_signal | minus_10_signal |
-35_signal | minus_35_signal |
3'UTR | three_prime_UTR |
3'clip | three_prime_clip |
5'UTR | five_prime_UTR |
5'clip | five_prime_clip |
D-loop | D_loop |
Поля в FeatStruct содержат подструктуры с определителями функций в качестве полей. В базах данных GenBank, GenPept и EMBL для каждой функции единственным обязательным квалификатором является его местоположение, которое featureparse переводится в поле Location. Когда это возможно, featureparse также переводит это расположение в числовые индексы, создавая Indices поле.
Примечание
Если вы используете Indices поле для извлечения информации о последовательности, вам может потребоваться дополнить последовательности.
FeatStruct = featureparse (Features... 'PropertyName', PropertyValue, ...)featureparse с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
возвращает только подструктуру, которая соответствует FeatStruct =
featureparse(Features, ...'Feature', FeatureValue,
...)FeatureValue, имя функции, содержащегося в Features. Если существует несколько функций с одинаковыми FeatureValue, затем FeatStruct - массив структур.
FeatStruct = featureparse(Features,
...'Sequence', SequenceValue, ...)Sequence. При извлечении последовательности из неполной функции CDS, featureparse использует codon_start для корректировки системы координат последовательности. Варианты true или false (по умолчанию).
В следующем примере получаются все функции, хранящиеся в файле GenBank nm175642.txt:
gbkStruct = genbankread('nm175642.txt');
features = featureparse(gbkStruct)
features =
source: [1x1 struct]
gene: [1x1 struct]
CDS: [1x1 struct]В следующем примере из базы данных GenBank получают только функции кодирующих последовательностей (CDS) космидной записи Caenorhabditis elegans (номер присоединения Z92777):
worm = getgenbank('Z92777');
CDS = featureparse(worm,'feature','cds')
CDS =
1x12 struct array with fields:
Location
Indices
locus_tag
standard_name
note
codon_start
product
protein_id
db_xref
translation
Извлеките две нуклеотидные последовательности из базы данных GenBank для белка нейраминидазы (NA) двух штаммов вируса гриппа A (H5N1).
hk01 = getgenbank('AF509094');
vt04 = getgenbank('DQ094287');
Экстрагируют последовательность кодирующей области для белка нейраминидазы (NA) из двух нуклеотидных последовательностей. Последовательности областей кодирования сохраняются в Sequence поля возвращенных структур, hk01_cds и vt04_cds.
hk01_cds = featureparse(hk01,'feature','CDS','Sequence',true); vt04_cds = featureparse(vt04,'feature','CDS','Sequence',true);
После извлечения нуклеотидных последовательностей можно использовать nt2aa и nwalign функции для выравнивания аминокислотных последовательностей, преобразованных из нуклеотидных последовательностей.
[sc,al]=nwalign(nt2aa(hk01_cds),nt2aa(vt04_cds),'extendgap',1);
Тогда можно использовать seqinsertgaps функция для копирования промежутков из выровненных аминокислотных последовательностей в соответствующие им нуклеотидные последовательности, таким образом кодон-выравнивая их.
hk01_aligned = seqinsertgaps(hk01_cds,al(1,:)) vt04_aligned = seqinsertgaps(vt04_cds,al(3,:))
Если вы выровняли код две последовательности, можно использовать их как вход в другие функции, такие как dnds, который вычисляет скорости синонимических и несинонимических замен кодоналегированных нуклеотидных последовательностей. Путем настройки Verbose на trueможно также отобразить кодоны, рассматриваемые в расчетах и их аминокислотных переводах.
[dn,ds] = dnds(hk01_aligned,vt04_aligned,'verbose',true)
emblread | genbankread | genpeptread | getgenbank | getgenpept