Exponenta Banner

seqviewer

Визуализация и интерактивное исследование биологических последовательностей

Свернуть все на странице

Синтаксис

seqviewer
seqviewer(Seq)
seqviewer(Seq,Name,Value)
seqviewer('close')

Описание

пример

seqviewer открывает приложение Sequence Viewer.

seqviewer(Seq) загружает последовательность Seq в приложение, где можно просматривать и интерактивно исследовать последовательность.

seqviewer(Seq,Name,Value) открывает приложение с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими Name,Value аргументы в виде пар.

seqviewer('close') закрывает приложение Sequence Viewer.

Входные параметры

свернуть все

Аминокислотная или нуклеотидная последовательность, заданная как:

  • Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды или имя файла с расширением .gbk, .gpt, .fasta, .fa или .ebi.

  • Вектор-строка из целых чисел

  • MATLAB® структура, содержащая Sequence поле, которое содержит аминокислоту или нуклеотидную последовательность, такую как возвращенная fastaread, fastqread, getgenpept, genpeptread, getpdb, pdbread, emblread, getembl, genbankread, или getgenbank

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'Alphabet','AA' определяет, что выровненные последовательности являются аминокислотными последовательностями.

Тип выровненных последовательностей, заданный как 'AA' для аминокислотных последовательностей или 'NT' для нуклеотидных последовательностей.

Пример: 'Alphabet','AA'

Примеры

свернуть все

Извлечение последовательности из GenBank® база данных.

S = getgenbank('M10051');

Загрузите последовательность в приложение Sequence Viewer.

seqviewer(S)

Также можно нажать Sequence Viewer на вкладке Apps, чтобы открыть приложение и просмотреть биологическую последовательность S.

Закройте приложение.

seqviewer('close')

См. также

| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка