Exponenta Banner

terms property

Класс: geneont

Вектор-столбец только для чтения с указателями для обозначения объектов объекта geneont

Описание

terms является свойством класса geneont, доступным только для чтения. terms - вектор-столбец с указателями на объекты термина объекта geneont.

Примечание

Хотя terms - вектор-столбец с указателями на объекты терминов в MATLAB® Командное окно, оно отображается как массив структур с одной структурой для каждого термина GO в объекте генеонта.

Значения

Используйте информацию в этой структуре для доступа (по идентификатору GO) к терминам объекта генеонта и просмотра свойств отдельных терминов.

Примеры

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27786 Terms.

  2. Используйте terms свойство для отображения массива структур MATLAB, содержащего 27 786 терминов, связанных с объектом генеонта.

    GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Примечание

    Хотя и terms свойство является массивом указателей на объекты терминов, в Командном Окне MATLAB оно отображается как массив структур с одной структурой для каждого термина GO в объекте geneont.

  3. Используйте terms свойство для просмотра свойств объекта термина в 14, 723-е положение в объекте генеонта.

    GeneontObj.terms(14723)

            id: 31655
          name: 'negative regulation of heat dissipation'
      ontology: 'biological process'
    definition: [1x113 char]
       comment: ''
       synonym: {4x2 cell}
          is_a: [3x1 double]
       part_of: 31653
      obsolete: 0

  4. Создайте массив ячеек из векторов символов, которые перечислят ontology свойство для каждого термина в объекте geneont.

    ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');

  5. Создайте логическую маску, которая идентифицирует все условия с ontology свойство cellular component.

    mask = strcmp(ontologies,'cellular component');

  6. Примените логическую маску ко всем терминам в GeneontObj объект geneont, чтобы вернуть массив структур MATLAB объектов терминов, содержащий только условия со ontology свойство cellular component.

    cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)
2362x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Существует 2362 условия с ontology свойство cellular component.

  7. Создайте подонтологию всех членов клеточного компонента путем индексации в GeneontObj объект geneont с маскированными объектами терминов.

    subontology = GeneontObj(cell_comp_terms)

Gene Ontology object with 2367 Terms.

См. также

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка