Класс: geneont
Вектор-столбец только для чтения с указателями для обозначения объектов объекта geneont
terms является свойством класса geneont, доступным только для чтения. terms - вектор-столбец с указателями на объекты термина объекта geneont.
Примечание
Хотя terms - вектор-столбец с указателями на объекты терминов в MATLAB® Командное окно, оно отображается как массив структур с одной структурой для каждого термина GO в объекте генеонта.
Используйте информацию в этой структуре для доступа (по идентификатору GO) к терминам объекта генеонта и просмотра свойств отдельных терминов.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в программном обеспечении MATLAB.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27786 Terms.
Используйте terms свойство для отображения массива структур MATLAB, содержащего 27 786 терминов, связанных с объектом генеонта.
GeneontObj.terms
27786x1 struct array with fields:
id
name
ontology
definition
comment
synonym
is_a
part_of
obsolete
Примечание
Хотя и terms свойство является массивом указателей на объекты терминов, в Командном Окне MATLAB оно отображается как массив структур с одной структурой для каждого термина GO в объекте geneont.
Используйте terms свойство для просмотра свойств объекта термина в 14, 723-е положение в объекте генеонта.
GeneontObj.terms(14723)
id: 31655
name: 'negative regulation of heat dissipation'
ontology: 'biological process'
definition: [1x113 char]
comment: ''
synonym: {4x2 cell}
is_a: [3x1 double]
part_of: 31653
obsolete: 0Создайте массив ячеек из векторов символов, которые перечислят ontology свойство для каждого термина в объекте geneont.
ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');
Создайте логическую маску, которая идентифицирует все условия с ontology свойство cellular component.
mask = strcmp(ontologies,'cellular component');
Примените логическую маску ко всем терминам в GeneontObj объект geneont, чтобы вернуть массив структур MATLAB объектов терминов, содержащий только условия со ontology свойство cellular component.
cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)
2362x1 struct array with fields:
id
name
ontology
definition
comment
synonym
is_a
part_of
obsoleteСуществует 2362 условия с ontology свойство cellular component.
Создайте подонтологию всех членов клеточного компонента путем индексации в GeneontObj объект geneont с маскированными объектами терминов.
subontology = GeneontObj(cell_comp_terms) Gene Ontology object with 2367 Terms.