geneont class

Суперклассы:

Структура данных, содержащая информацию о генной онтологии (GO)

Описание

Объект генеонта является структурой данных, содержащей информацию о гене онтологии. Вы можете исследовать и пройти термины Gene Ontology, используя отношения «is_a» и «part_of».

Конструкция

geneont

Создайте объект генеонта и объекты термина

Методы

getancestors	Найдите термины, которые являются предками заданного термина Gene Ontology (GO)
getdescendants	Найдите термины, которые являются потомками заданного термина Gene Ontology (GO)
getmatrix	Преобразуйте объект генеонта в матрицу отношений
getrelatives	Найдите условия, которые являются родственниками заданного термина Gene Ontology (GO)

Свойства

дата	Вектор символов только для чтения, содержащий дату и время последнего обновления файла OBO
default_namespace	Вектор символов только для чтения, содержащий пространство имен, которому назначены условия GO
format_version	Вектор символов только для чтения, содержащая версию кодирования OBO файла
условия	Вектор-столбец только для чтения с указателями для обозначения объектов объекта geneont

Иерархия образцов

Объект geneont содержит объекты терминов.

Копировать семантику

Указатель. Чтобы узнать, как это влияет на использование класса, смотрите Копирование объектов в MATLAB^® Документация по основам программирования.

Индексация

Для создания подонтологии можно использовать индексацию круглых скобок () с идентификаторами GO (номера) или терминами GO (объекты терминов). См. примеры ниже.

Примеры

Пример 17. Индексация в объект генеонта с использованием идентификатора GO

Можно создать подонтологию путем индексации в объект генеонта с помощью идентификатора GO.

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в программном обеспечении MATLAB.
```
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
```
MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Создайте подонтологию, вернув условия с идентификаторами GO GO:000005 через GO:000010.
```
subontology1 = GeneontObj(5:10)

Gene Ontology object with 6 Terms.
```
Создайте подонтологию, вернув термин с идентификатором GO GO:000100.
```
subontology2 = GeneontObj(100)

Gene Ontology object with 1 Terms.
```

Пример 18. Индексация в объект генеонта с использованием термина GO

Можно создать подонтологию путем индексации в объект генеонта с помощью термина GO.

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в программном обеспечении MATLAB.
```
GeneontObj = geneont('LIVE', true)
```
MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Создайте массив объектов терминов, содержащих от пятого до десятого членов объекта генеонта.
```
termObject = GeneontObj.terms(5:10)

6x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete
```
Примечание
Срок действия GO- 5 является положением объекта термина в объекте генеонта и не обязательно совпадает с объектом термина с идентификатором GO GO:000005 используется в первом примере. Это связано с тем, что существует много терминов, которые устарели и не включены в качестве объектов терминов в объект генеонта.
Создайте подонтологию, вернув пятый-десятый условия объекта генеонта.
```
subontology3 = GeneontObj(termObject)

Gene Ontology object with 6 Terms.
```

См. также

goannotread | num2goid | term

Документация