Exponenta Banner

term class

Суперклассы:

Структура данных, содержащая информацию о термине генной онтологии (GO)

Описание

Объект термина является структурой данных, содержащей информацию о термине Gene Ontology (GO). Вы можете исследовать и пройти термины Gene Ontology, используя отношения «is_a» и «part_of».

Конструкция

geneontСоздайте объект генеонта и объекты термина

Свойства

определениеВектор символов только для чтения, который задает термин GO
я быЧисловое значение только для чтения, которое соответствует идентификатору GO термина GO
is_aЧисловой массив только для чтения, содержащий идентификаторы GO терминов GO, которые имеют отношение «is a» с этим термином GO
имяВектор символов только для чтения, представляющий имя термина GO
устаревшийЛогическое значение только для чтения, которое указывает, устарел ли термин GO
онтологияВектор символов только для чтения, описывающий онтологию термина GO
part_ofЧисловой массив только для чтения, содержащий идентификаторы GO терминов GO, которые имеют отношение «часть» с этим термином GO
синонимМассив только для чтения, содержащий условия GO, которые являются синонимами этого термина GO

Иерархия образцов

Объект geneont содержит объекты терминов.

Копировать семантику

Указатель. Чтобы узнать, как это влияет на использование класса, смотрите Копирование объектов в MATLAB® Документация по основам программирования.

Индексация

Можно использовать индексацию круглых скобок () для доступа к терминам в массиве указателей для объектов терминов. См. примеры ниже.

Примеры

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27827 Terms.

  2. Используйте terms свойство для создания переменной, содержащей массив указателей на объекты терминов объекта geneont.

    array_of_terms = GeneontObj.terms

27827x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Примечание

    Хотя и terms свойство является массивом указателей на объекты терминов, в Командном Окне MATLAB оно отображается как массив структур с одной структурой для каждого термина GO в объекте geneont.

  3. Верните пятый термин (объект термина) объекта генеонта.

    fifth_term = array_of_terms(5)

            id: 6
          name: [1x60 char]
      ontology: 'molecular function'
    definition: [1x321 char]
       comment: ''
       synonym: []
          is_a: 5385
       part_of: [0x1 double]
      obsolete: 0

См. также

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка