Класс: BioIndexedFile
Извлечение алфавитно-цифровых ключей из исходного файла, связанного с объектом BioIndexedFile
Keys = getKeys(BioIFobj)
Keys = getKeys(BioIFobj)Keys, массив ячеек из векторов символов, задающий все ключи к записям в исходном файле, сопоставленном с BioIFobj, объект BioIndexedFile. Ключи появляются в том же порядке, что и в исходном файле, даже если они не уникальны.
|
Объект |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий все ключи к записям в исходном файле. Ключи появляются в том же порядке, что и в исходном файле, даже если они не уникальны. |
Создайте объект BioIndexedFile для доступа к таблице, содержащей перекрестные ссылки между именами генов и терминами онтологии генов (GO):
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Найдите все ключи для записей в исходном файле, а затем просмотрите первые 12 ключей:
% Retrieve all keys for entries in gene2goObj keys = getKeys(gene2goObj); % View the first 12 keys keys(1:12)
ans =
'15S_RRNA'
'21S_RRNA'
'AAC1'
'AAC3'
'AAD10'
'AAD14'
'AAD15'
'AAD16'
'AAD3'
'AAD4'
'AAD6'
'AAH1'Используйте этот метод, чтобы увидеть полный список алфавитно-цифровых ключей, в том порядке, в котором они происходят в исходном файле, из которого был создан объект BioIndexedFile.