Класс: BioIndexedFile
Извлечение индексов из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile, с помощью алфавитно-цифрового ключа
Indices = getIndexByKey(BioIFobj, Key)
[Indices, LogicalVals]
= getIndexByKey(BioIFobj, Key)
Indices = getIndexByKey(BioIFobj, Key)BioIFobj, объект BioIndexedFile. Он возвращает индексы записей, ключи которых заданы Keyмассив вектора символов или ячеек векторов символов, задающий один или несколько алфавитно-цифровых ключей. Возвращается Indices, числовой вектор индексов записей, которые имеют алфавитно-цифровые ключи, заданные как Key. Если ключи в исходном файле не уникальны, это возвращает все индексы записей, которые соответствуют указанному ключу, все в положении ключа в Key массив ячеек. Если ключи в исходном файле уникальны, существует отношение «один к одному» между количеством и порядком элементов в Key и выходные Indices.
[ возвращает логический вектор, который указывает только последнее соответствие для каждой клавиши, так что существует отношение «один к одному» между количеством и порядком элементов в Indices, LogicalVals]
= getIndexByKey(BioIFobj, Key)Key и Indices(LogicalVals)
|
Объект |
|
Вектор символов или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько ключей в исходном файле, сопоставленном с |
|
Числовой вектор индексов записей в исходном файле, которые имеют алфавитно-цифровые ключи, заданные как |
|
Логический вектор, содержащий то же количество элементов, что и Совет Некоторые файлы содержат повторные ключи. Для примера форматированные в SAM файлы используют тот же ключ для записей, которые являются парными считываниями. Используйте |
Создайте объект BioIndexedFile для доступа к таблице, содержащей перекрестные ссылки между именами генов и терминами онтологии генов (GO):
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Возвращает индексы для записей в исходном файле, которые заданы ключами AAC1 и AAD10.
% Access indices for entries that have the keys AAC1 and AAD10
indices = getIndexByKey(gene2goObj, {'AAC1' 'AAD10'})
indices =
3
5Создайте объект BioIndexedFile для доступа к форматированному в SAM файлу с повторяющимися ключами.
% Create variable containing full absolute path of source file
samsourcefile = which('ex1.sam');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Store the
% index file in the Current Folder.
samObj = BioIndexedFile('sam', samsourcefile, '.')Возвращает только последние индексы для записей в исходном файле, которые заданы двумя ключами, 'B7 _ 593:7:15:244:876 и EAS56_65:4:296:78:421, оба из которых являются повторяющимися ключами.
% Return all indices for entries that have two specific keys
[Indices, LogicalVal] = getIndexByKey(samObj, ...
{'B7_593:7:15:244:876', 'EAS56_65:4:296:78:421'})Indices =
3058
3238
3292
3293
LogicalVal =
0
1
0
1% Return only the last index for each key LastIndices = Indices(LogicalVal)
LastIndices =
3238
3293
Этот метод используется для определения индексов определенных записей с известными ключами.